More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0539 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  100 
 
 		 540 aa  1075    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  84.18 
 
 		 560 aa  845    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  80.36 
 
 		 522 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  73.88 
 
 		 506 aa  678    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  86.57 
 
 		 565 aa  852    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  69.98 
 
 		 540 aa  699    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.86 
 
 		 515 aa  634    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  66.41 
 
 		 543 aa  632  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.38 
 
 		 479 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  73.15 
 
 		 484 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  73.44 
 
 		 486 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.44 
 
 		 486 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.32 
 
 		 486 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.88 
 
 		 480 aa  628  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.98 
 
 		 480 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  78.06 
 
 		 485 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  78.06 
 
 		 485 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  78.06 
 
 		 485 aa  626  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  78.06 
 
 		 485 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  78.06 
 
 		 485 aa  626  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  78.06 
 
 		 482 aa  623  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  77.47 
 
 		 488 aa  621  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  78.42 
 
 		 473 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.42 
 
 		 479 aa  592  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  71.36 
 
 		 453 aa  585  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.68 
 
 		 476 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.13 
 
 		 492 aa  570  1e-161  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.77 
 
 		 456 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.93 
 
 		 477 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.8 
 
 		 455 aa  557  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.07 
 
 		 426 aa  552  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.81 
 
 		 453 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.01 
 
 		 452 aa  555  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  68.02 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.02 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.02 
 
 		 454 aa  551  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.35 
 
 		 453 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.02 
 
 		 454 aa  551  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.35 
 
 		 453 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.02 
 
 		 455 aa  550  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.02 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  67.77 
 
 		 454 aa  549  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.35 
 
 		 453 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  67.77 
 
 		 454 aa  549  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.12 
 
 		 453 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  68.02 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.08 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.12 
 
 		 462 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.08 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.91 
 
 		 469 aa  542  1e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  64.81 
 
 		 398 aa  542  1e-153  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.31 
 
 		 511 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  64.78 
 
 		 426 aa  536  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  65.14 
 
 		 515 aa  537  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  65.14 
 
 		 515 aa  537  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.91 
 
 		 471 aa  533  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  61.46 
 
 		 477 aa  530  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1851  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.05 
 
 		 417 aa  527  1e-148  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.72 
 
 		 513 aa  522  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.46 
 
 		 491 aa  522  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.3 
 
 		 578 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  65.24 
 
 		 425 aa  520  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.4 
 
 		 443 aa  519  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  60.8 
 
 		 579 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.3 
 
 		 577 aa  521  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.56 
 
 		 571 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.28 
 
 		 494 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.92 
 
 		 418 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.1 
 
 		 581 aa  516  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.92 
 
 		 418 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.86 
 
 		 427 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.779051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.86 
 
 		 598 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.5 
 
 		 599 aa  514  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.74 
 
 		 578 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.91 
 
 		 525 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.7 
 
 		 441 aa  514  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.72 
 
 		 515 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 		 525 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.96 
 
 		 550 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.66 
 
 		 601 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.41 
 
 		 549 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 		 526 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  59.76 
 
 		 574 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  55 
 
 		 495 aa  505  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.04 
 
 		 549 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.11 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1011  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  61.64 
 
 		 453 aa  502  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  63.27 
 
 		 420 aa  505  1e-141  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  63.27 
 
 		 411 aa  505  1e-141  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.01 
 
 		 535 aa  501  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.33 
 
 		 628 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.51 
 
 		 626 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  57.45 
 
 		 635 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  59.82 
 
 		 429 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  60.14 
 
 		 557 aa  497  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  65.8 
 
 		 445 aa  496  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.87 
 
 		 630 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  62.8 
 
 		 496 aa  496  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  62.5 
 
 		 452 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.26 
 
 		 627 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>