49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0225 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0225  hypothetical protein  100 
 
 
281 aa  570  1e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4672  nucleotidyltransferase-like  66.41 
 
 
271 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.934446  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3691  nucleotidyltransferase-like protein  66.41 
 
 
271 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3830  nucleotidyltransferase-like protein  65.62 
 
 
271 aa  342  6e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.317709  normal  0.499468 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2418  nucleotidyltransferase-like  65.23 
 
 
270 aa  338  5e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0545252  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5431  nucleotidyltransferase-like protein  66.02 
 
 
270 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3586  nucleotidyltransferase-like protein  64.84 
 
 
270 aa  332  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0405  hypothetical protein  62.5 
 
 
263 aa  318  9e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0488  Nucleotidyltransferase, predicted  60.62 
 
 
263 aa  312  3e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4570  hypothetical protein  58.5 
 
 
254 aa  299  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4261  hypothetical protein  58.1 
 
 
254 aa  297  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1947  hypothetical protein  56.7 
 
 
262 aa  288  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1192  nucleotidyltransferase-like protein  55.94 
 
 
262 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0679  nucleotidyltransferase-like protein  58.85 
 
 
271 aa  278  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60660  putative nucleotidyltransferase  54.05 
 
 
270 aa  272  4e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3841  hypothetical protein  54.05 
 
 
273 aa  268  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0459  hypothetical protein  46.4 
 
 
260 aa  229  3e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0397  hypothetical protein  43.32 
 
 
260 aa  229  3e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0348  hypothetical protein  43.32 
 
 
260 aa  229  3e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0363  hypothetical protein  43.32 
 
 
260 aa  229  3e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0411  hypothetical protein  42.52 
 
 
260 aa  229  5e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0283  YcgL  47.58 
 
 
258 aa  229  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4907  hypothetical protein  42.13 
 
 
260 aa  228  6e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0463  hypothetical protein  42.52 
 
 
260 aa  228  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0331  hypothetical protein  43.32 
 
 
260 aa  226  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0339  hypothetical protein  45.74 
 
 
263 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0343  hypothetical protein  45.05 
 
 
260 aa  220  2e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0124  hypothetical protein  46.19 
 
 
259 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.045429  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1192  hypothetical protein  47.77 
 
 
259 aa  215  6e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0937116  hitchhiker  4.8698e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0599  hypothetical protein  43.86 
 
 
258 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2786  YcgL  44.59 
 
 
255 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.436612 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0334  hypothetical protein  43.05 
 
 
237 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03910  predicted nucleotidyltransferase  50.23 
 
 
265 aa  189  4e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.125701  normal  0.806026 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2055  hypothetical protein  37.65 
 
 
260 aa  189  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.754241  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0169  hypothetical protein  42.67 
 
 
270 aa  186  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.634094  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1895  hypothetical protein  31.23 
 
 
248 aa  114  2e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.455689  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2873  hypothetical protein  32.5 
 
 
256 aa  70.5  3e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0487  Nucleotidyltransferase, predicted  39.29 
 
 
321 aa  63.9  3e-09  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1055  hypothetical protein  28.66 
 
 
251 aa  62  1e-08  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2984  hypothetical protein  29.44 
 
 
298 aa  60.1  4e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1947  nucleotidyltransferase-like  29 
 
 
278 aa  58.5  1e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.685938  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2851  Nucleotidyltransferase, predicted  24.08 
 
 
358 aa  57.8  2e-07  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1054  hypothetical protein  28.17 
 
 
280 aa  57  3e-07  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2874  hypothetical protein  31.54 
 
 
254 aa  56.2  6e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3904  nucleotidyltransferase-like protein  31.14 
 
 
216 aa  54.7  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377103  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3163  Nucleotidyltransferase, predicted  33.33 
 
 
356 aa  53.1  5e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.813423  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3903  hypothetical protein  30.77 
 
 
258 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.166941  normal  0.512138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1517  hypothetical protein  34.38 
 
 
364 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000966752  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4228  hypothetical protein  27.89 
 
 
246 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>