More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0165 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  100 
 
 		 381 aa  766    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  83.46 
 
 		 387 aa  655    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  83.76 
 
 		 388 aa  669    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  78.88 
 
 		 382 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  74.73 
 
 		 384 aa  595  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  75.13 
 
 		 384 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  74.6 
 
 		 384 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  74.87 
 
 		 384 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  71.66 
 
 		 378 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  67.29 
 
 		 380 aa  543  1e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  64.96 
 
 		 378 aa  479  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  61.13 
 
 		 374 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  58.02 
 
 		 379 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  54.09 
 
 		 376 aa  431  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  55.08 
 
 		 378 aa  418  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  51.06 
 
 		 390 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  51.05 
 
 		 382 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  51.87 
 
 		 371 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  48.93 
 
 		 377 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  51.08 
 
 		 378 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  49.2 
 
 		 377 aa  364  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  50 
 
 		 390 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  51.87 
 
 		 368 aa  363  3e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  48.53 
 
 		 385 aa  355  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  48.92 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  49.73 
 
 		 390 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  50.26 
 
 		 691 aa  349  4e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  46.79 
 
 		 378 aa  349  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  49.2 
 
 		 390 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  42.16 
 
 		 369 aa  303  2.0000000000000002e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  38.4 
 
 		 378 aa  297  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  38.4 
 
 		 378 aa  297  2e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  42.63 
 
 		 381 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  43.35 
 
 		 365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  42.22 
 
 		 373 aa  285  9e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  42.86 
 
 		 373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  43.65 
 
 		 373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  43.38 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  43.39 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  43.39 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  43.39 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  42.74 
 
 		 373 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  42.74 
 
 		 373 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  42.63 
 
 		 366 aa  278  8e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  41.24 
 
 		 369 aa  278  9e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  42.48 
 
 		 373 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  42.51 
 
 		 366 aa  277  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  45.79 
 
 		 370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  42.13 
 
 		 375 aa  270  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  39.57 
 
 		 367 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  39.58 
 
 		 371 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  40.37 
 
 		 369 aa  263  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  41.53 
 
 		 366 aa  259  7e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  36.17 
 
 		 380 aa  246  6e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  36.41 
 
 		 379 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  38.73 
 
 		 380 aa  243  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  36.15 
 
 		 405 aa  223  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  34.14 
 
 		 373 aa  219  8.999999999999998e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 		 376 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  32.62 
 
 		 369 aa  215  9e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  36.46 
 
 		 369 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  33.87 
 
 		 370 aa  212  9e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 		 373 aa  212  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  34.31 
 
 		 376 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  34.23 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  33.86 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  34.82 
 
 		 377 aa  206  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  32.44 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  33.07 
 
 		 376 aa  203  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.89 
 
 		 377 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  32.97 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  32.97 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  31.81 
 
 		 378 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  31.38 
 
 		 376 aa  199  7e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  31.65 
 
 		 376 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.03 
 
 		 377 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  31.71 
 
 		 368 aa  195  9e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  32.53 
 
 		 375 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  31.81 
 
 		 379 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  30.59 
 
 		 376 aa  192  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  29.95 
 
 		 376 aa  192  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  29.41 
 
 		 376 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  31.65 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  34.12 
 
 		 379 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.06 
 
 		 375 aa  189  5e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  32.08 
 
 		 378 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  30.95 
 
 		 368 aa  189  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  33.51 
 
 		 371 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  30.93 
 
 		 371 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  30.93 
 
 		 371 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  30.75 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  30.48 
 
 		 376 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  30.91 
 
 		 372 aa  186  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  30.21 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  30.13 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  28.69 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  32.85 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  28.34 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  30.55 
 
 		 383 aa  184  3e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>