More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0132 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  85.88 
 
 
279 aa  461  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  85.88 
 
 
279 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  58.49 
 
 
294 aa  311  9e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
293 aa  251  8.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  48.09 
 
 
293 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  48.06 
 
 
293 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  46.24 
 
 
288 aa  242  5e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 
288 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  45.08 
 
 
286 aa  235  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  44.74 
 
 
286 aa  234  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  42.21 
 
 
289 aa  232  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  45.25 
 
 
288 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  44.87 
 
 
288 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  44.87 
 
 
288 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  44.87 
 
 
288 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  43.73 
 
 
289 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  43.73 
 
 
279 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  43.35 
 
 
289 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  44.7 
 
 
296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  40.23 
 
 
289 aa  202  6e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  38.87 
 
 
288 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  36.51 
 
 
297 aa  193  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  37.83 
 
 
284 aa  185  7e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
350 aa  175  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  38.46 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  31.02 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 
288 aa  128  8.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  36.48 
 
 
294 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  34.07 
 
 
308 aa  123  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  42.76 
 
 
160 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  42.76 
 
 
160 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  42.76 
 
 
160 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  42.76 
 
 
160 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  42.76 
 
 
160 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  42.76 
 
 
160 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  41.45 
 
 
160 aa  122  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  41.45 
 
 
160 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  41.45 
 
 
160 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  35.47 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 
296 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 
296 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
287 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 
296 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 
296 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 
296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 
296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  32.36 
 
 
292 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.76 
 
 
326 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
293 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
293 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
293 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 
283 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 
277 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 
286 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 
297 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 
291 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
296 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 
277 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  30 
 
 
289 aa  92.4  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.17 
 
 
289 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.17 
 
 
289 aa  87  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 
277 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  23.65 
 
 
291 aa  80.5  0.00000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 
300 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 
279 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  27.8 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 
436 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 
300 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 
279 aa  75.5  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  29.65 
 
 
300 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 
291 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  27.24 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  27.24 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 
325 aa  72.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
279 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>