More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0075 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  85.1 
 
 
443 aa  724  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  100 
 
 
441 aa  863  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  84.88 
 
 
443 aa  720  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  59.96 
 
 
457 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  59.08 
 
 
457 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  60.99 
 
 
463 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  60.99 
 
 
463 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  60.99 
 
 
463 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  62.05 
 
 
488 aa  478  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  57.62 
 
 
453 aa  471  1e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  60.89 
 
 
462 aa  469  1e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  60.31 
 
 
463 aa  471  1e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  56.67 
 
 
457 aa  465  1e-130  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  60.54 
 
 
462 aa  461  1e-128  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  56.02 
 
 
457 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0155  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.89 
 
 
469 aa  451  1e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0350  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.67 
 
 
519 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0165  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.67 
 
 
469 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0146  sun protein  58.67 
 
 
469 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.67 
 
 
469 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2801  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  58.67 
 
 
469 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0132  sun protein  57.24 
 
 
571 aa  434  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  50.69 
 
 
418 aa  365  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4436  sun protein  48.76 
 
 
445 aa  362  5e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  49.33 
 
 
435 aa  359  5e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3632  sun protein  48.52 
 
 
450 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.10429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  46.4 
 
 
425 aa  343  3e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3243  sun protein  48.33 
 
 
457 aa  340  3e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3894  sun protein  48.32 
 
 
457 aa  337  3e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0591  sun protein  48.98 
 
 
442 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2266  sun protein  47.01 
 
 
470 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.85 
 
 
419 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  44.89 
 
 
438 aa  328  2e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3590  sun protein  47.13 
 
 
454 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0840523  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4528  sun protein  45.45 
 
 
461 aa  319  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0513  sun protein  47.68 
 
 
462 aa  319  8e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.426723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  41.31 
 
 
433 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  43.14 
 
 
442 aa  300  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  42.14 
 
 
445 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  42.89 
 
 
431 aa  299  6e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4003  sun protein  47.17 
 
 
453 aa  295  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.5232e-07 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  44.62 
 
 
451 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  41.55 
 
 
429 aa  293  3e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  41.42 
 
 
429 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  43.61 
 
 
434 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  41.34 
 
 
429 aa  292  9e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  41.11 
 
 
429 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  41.11 
 
 
429 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  41.11 
 
 
429 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  44.19 
 
 
434 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  41.11 
 
 
429 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  41.11 
 
 
429 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1775  Fmu (Sun) domain protein  43.48 
 
 
417 aa  291  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  41.34 
 
 
429 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0272  Sun protein  47.37 
 
 
449 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.432064  decreased coverage  0.0030391 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  43.91 
 
 
431 aa  289  9e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  40.88 
 
 
429 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  40.65 
 
 
429 aa  287  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  42.11 
 
 
435 aa  287  3e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  40.05 
 
 
427 aa  286  4e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  39.72 
 
 
427 aa  286  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  42.11 
 
 
429 aa  286  6e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  41.06 
 
 
429 aa  286  6e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  42.11 
 
 
429 aa  286  6e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  45.68 
 
 
436 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.06957e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  40.83 
 
 
429 aa  285  1e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  40.27 
 
 
436 aa  285  1e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  45.93 
 
 
436 aa  284  2e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  1.805e-13 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  41.84 
 
 
429 aa  284  2e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  4.68931e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  41.06 
 
 
429 aa  285  2e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  45.68 
 
 
436 aa  284  3e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  41.15 
 
 
428 aa  284  3e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  40.6 
 
 
429 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  39.26 
 
 
444 aa  283  6e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  40.6 
 
 
429 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  39.12 
 
 
440 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  37.61 
 
 
462 aa  280  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  44.94 
 
 
436 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  1.36476e-07 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.88 
 
 
403 aa  279  7e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  42.12 
 
 
437 aa  279  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  40.88 
 
 
426 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  44.06 
 
 
448 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  40.86 
 
 
434 aa  275  1e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  40.58 
 
 
436 aa  274  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  40 
 
 
431 aa  273  5e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  39.9 
 
 
427 aa  272  7e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  39.9 
 
 
427 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  43.46 
 
 
429 aa  270  3e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  41.18 
 
 
437 aa  270  4e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0205  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  36.4 
 
 
430 aa  269  7e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.79 
 
 
436 aa  269  7e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  44.31 
 
 
448 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2118  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  37.5 
 
 
430 aa  268  1e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.772275  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.55 
 
 
443 aa  267  3e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  38.98 
 
 
427 aa  266  6e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  39.4 
 
 
425 aa  265  9e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  40.14 
 
 
428 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  40.14 
 
 
428 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  39.73 
 
 
427 aa  263  5e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  40.14 
 
 
428 aa  263  5e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.39617e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>