More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0065 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  100 
 
 
312 aa  631  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  96.79 
 
 
312 aa  613  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  95.83 
 
 
312 aa  607  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 
310 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  68.37 
 
 
303 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 
362 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  46.58 
 
 
367 aa  277  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
351 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 
367 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
351 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
349 aa  274  2e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 
355 aa  274  2e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
349 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
349 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
349 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
349 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
349 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
349 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  47.73 
 
 
353 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
312 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
322 aa  221  2e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
312 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0807  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
310 aa  219  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
299 aa  219  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.61 
 
 
305 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
299 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
300 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
295 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
313 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
313 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
313 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
295 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
295 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
327 aa  216  3e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
306 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
312 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  40.34 
 
 
355 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
318 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.41 
 
 
299 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
313 aa  213  2e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
309 aa  214  2e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
306 aa  214  2e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
305 aa  214  2e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
313 aa  213  3e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
313 aa  213  3e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
313 aa  213  3e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
295 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
331 aa  212  8e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
304 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
295 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  38.83 
 
 
313 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
298 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
308 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
331 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  7.20419e-06 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
308 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
298 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
298 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
309 aa  205  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.64 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
315 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
315 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
315 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.07 
 
 
297 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
315 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
315 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
323 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
354 aa  203  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
354 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.69 
 
 
298 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
315 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
322 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
316 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.35562e-05  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
315 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
301 aa  202  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 
301 aa  202  9e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 
298 aa  201  1e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
301 aa  201  1e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
336 aa  201  1e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
304 aa  201  2e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 
335 aa  200  2e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 
311 aa  200  2e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
315 aa  200  2e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.383155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>