More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0044 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 530 aa  1079    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  83.68 
 
 		 533 aa  923    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  83.46 
 
 		 533 aa  922    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  50.95 
 
 		 528 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  52.94 
 
 		 509 aa  555  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 535 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  50.82 
 
 		 535 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  47.72 
 
 		 531 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  47.38 
 
 		 538 aa  468  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  46.99 
 
 		 532 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  47.19 
 
 		 528 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  46.59 
 
 		 532 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  44.74 
 
 		 514 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  47.27 
 
 		 516 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  46.67 
 
 		 516 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  44.14 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  43.37 
 
 		 549 aa  421  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  41.62 
 
 		 537 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.94 
 
 		 521 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 521 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  42.57 
 
 		 522 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  42.02 
 
 		 526 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  40.56 
 
 		 525 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 		 544 aa  345  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  38.37 
 
 		 524 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 		 515 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 534 aa  324  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 		 534 aa  324  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 526 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 527 aa  298  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  34.34 
 
 		 528 aa  291  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  34.22 
 
 		 528 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  35.13 
 
 		 528 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 526 aa  281  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 556 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  35.71 
 
 		 528 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.2 
 
 		 542 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  37.47 
 
 		 531 aa  271  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 530 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.7 
 
 		 526 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  32.3 
 
 		 532 aa  266  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 		 544 aa  265  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 		 523 aa  259  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  35.11 
 
 		 523 aa  258  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 531 aa  258  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  33.08 
 
 		 527 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 538 aa  254  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 526 aa  254  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  33.2 
 
 		 595 aa  253  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  32.39 
 
 		 526 aa  253  9.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 514 aa  249  6e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  33.07 
 
 		 520 aa  249  7e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  32.38 
 
 		 519 aa  249  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  31.3 
 
 		 516 aa  248  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  31.92 
 
 		 517 aa  247  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.96 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  31.98 
 
 		 514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 		 520 aa  243  7e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 		 520 aa  239  6.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 		 526 aa  238  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 		 527 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 524 aa  236  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.43 
 
 		 518 aa  236  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 517 aa  234  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 532 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 527 aa  233  8.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  33.55 
 
 		 460 aa  232  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.47 
 
 		 497 aa  224  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 		 520 aa  223  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.49 
 
 		 521 aa  221  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.31 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.31 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.31 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 529 aa  218  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 534 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 526 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 532 aa  215  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  33.87 
 
 		 524 aa  209  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.1 
 
 		 535 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 505 aa  196  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 512 aa  187  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 512 aa  187  6e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 512 aa  187  6e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 517 aa  185  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.3 
 
 		 529 aa  184  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  29.06 
 
 		 512 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 		 514 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  29.12 
 
 		 512 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  29.82 
 
 		 514 aa  182  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 505 aa  182  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.92 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.92 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.92 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 527 aa  179  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.24 
 
 		 510 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.36 
 
 		 512 aa  177  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.17 
 
 		 512 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 512 aa  177  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>