More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0011 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  100 
 
 		 398 aa  784    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  87.66 
 
 		 469 aa  607  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  87.4 
 
 		 423 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  59.64 
 
 		 415 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  57.03 
 
 		 428 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  59.89 
 
 		 412 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  62.4 
 
 		 415 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.81 
 
 		 410 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  60.71 
 
 		 381 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  56.51 
 
 		 405 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.69 
 
 		 424 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.19 
 
 		 411 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  60.17 
 
 		 434 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  54.35 
 
 		 425 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  61.16 
 
 		 430 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.28 
 
 		 433 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  59.76 
 
 		 430 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  51.66 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.1 
 
 		 422 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  55.76 
 
 		 412 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  53.17 
 
 		 405 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  55.44 
 
 		 431 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  57.22 
 
 		 433 aa  375  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.18 
 
 		 436 aa  371  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  55.97 
 
 		 420 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  54.88 
 
 		 424 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  55.17 
 
 		 420 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.05 
 
 		 395 aa  375  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  54.88 
 
 		 424 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  55.76 
 
 		 412 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  54.88 
 
 		 424 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  55.7 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  55.7 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  55.7 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  55.44 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  55.7 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  55.7 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  56.39 
 
 		 412 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  53.97 
 
 		 395 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  55.32 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  56.3 
 
 		 432 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  54.81 
 
 		 409 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  54.81 
 
 		 409 aa  366  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  56.3 
 
 		 432 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  54.55 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  55.29 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  53.42 
 
 		 400 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.53 
 
 		 399 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.27 
 
 		 415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  56.82 
 
 		 397 aa  355  6.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2887  RND family efflux transporter MFP subunit  57.85 
 
 		 430 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303028  normal  0.0961096 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  51.85 
 
 		 395 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  52.52 
 
 		 418 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  52.52 
 
 		 418 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  51.85 
 
 		 395 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  52.92 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  52.52 
 
 		 418 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0478  RND family efflux transporter MFP subunit  55.46 
 
 		 416 aa  349  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  normal  0.0228976 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  51.99 
 
 		 385 aa  348  6e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  55.16 
 
 		 408 aa  349  6e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  51.99 
 
 		 385 aa  348  1e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.72 
 
 		 385 aa  347  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  51.72 
 
 		 385 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  51.72 
 
 		 385 aa  347  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  51.72 
 
 		 385 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  51.72 
 
 		 385 aa  347  3e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.48 
 
 		 410 aa  346  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  51.46 
 
 		 385 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  51.46 
 
 		 385 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.59 
 
 		 398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  53.83 
 
 		 423 aa  343  4e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  50.14 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0708  membrane fusion protein, RND efflux pump  52.88 
 
 		 410 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  52.5 
 
 		 385 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.03 
 
 		 397 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.79 
 
 		 396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  51.38 
 
 		 383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  51.37 
 
 		 394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  51.1 
 
 		 442 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  53.14 
 
 		 395 aa  335  9e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  50 
 
 		 386 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  51.21 
 
 		 391 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  51.17 
 
 		 390 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0536  acriflavine resistance protein A  55.15 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0526  acriflavine resistance protein A  55.15 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0579  acriflavine resistance protein A  55.15 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0884843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0520  acriflavine resistance protein A  55.15 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0763854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0517  acriflavine resistance protein A  55.15 
 
 		 397 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  50.14 
 
 		 394 aa  333  4e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  48.85 
 
 		 406 aa  333  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  52.63 
 
 		 385 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  54.28 
 
 		 404 aa  332  5e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  52.63 
 
 		 385 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  52.63 
 
 		 385 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  49.35 
 
 		 391 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>