More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3941 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 		 436 aa  887    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  89.93 
 
 		 437 aa  811    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  51.95 
 
 		 439 aa  458  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.98 
 
 		 426 aa  252  1e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  28.42 
 
 		 434 aa  144  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 		 495 aa  136  8e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 434 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 422 aa  123  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 		 441 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 434 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 431 aa  120  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  26.49 
 
 		 419 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 427 aa  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 		 432 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 435 aa  110  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 435 aa  109  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 435 aa  107  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 429 aa  104  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 420 aa  103  7e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 451 aa  103  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0374  extracellular solute-binding protein family 1  28.69 
 
 		 458 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0240532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 433 aa  100  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 		 410 aa  99.8  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 408 aa  99  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.4 
 
 		 427 aa  98.6  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.74 
 
 		 428 aa  97.1  5e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 		 434 aa  95.5  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 444 aa  95.1  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 422 aa  94  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 		 443 aa  93.6  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 		 468 aa  93.6  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 441 aa  89  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 		 408 aa  89  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 439 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 408 aa  87.4  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 452 aa  85.1  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 399 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  24.57 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 451 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.14 
 
 		 434 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 		 424 aa  82.4  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.65 
 
 		 438 aa  81.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 436 aa  82.4  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 		 446 aa  81.3  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 429 aa  79.7  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  22.66 
 
 		 441 aa  79.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0998  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.95 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 442 aa  78.2  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  24.42 
 
 		 461 aa  77  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.77 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2590  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 464 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00840  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.84 
 
 		 451 aa  74.7  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 422 aa  73.9  0.000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 445 aa  73.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 444 aa  73.2  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 445 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 		 424 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  24 
 
 		 461 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4612  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 		 437 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 410 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.09 
 
 		 410 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 		 434 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 417 aa  71.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3534  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 445 aa  70.9  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  21.26 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  21.84 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 452 aa  70.1  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 444 aa  69.7  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  21.39 
 
 		 444 aa  69.7  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  28.77 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 		 431 aa  68.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  24.57 
 
 		 428 aa  67  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 		 412 aa  67  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.89 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>