264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3904 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  100 
 
 		 1111 aa  2246    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  37.19 
 
 		 961 aa  230  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  39.06 
 
 		 936 aa  227  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  35.92 
 
 		 926 aa  227  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  33.81 
 
 		 1035 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  37.31 
 
 		 964 aa  209  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  35.45 
 
 		 929 aa  201  7.999999999999999e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  43.23 
 
 		 923 aa  200  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  39.51 
 
 		 1807 aa  190  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  30.09 
 
 		 1112 aa  188  5e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  34.97 
 
 		 1013 aa  185  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  32.51 
 
 		 1486 aa  183  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  32.99 
 
 		 1014 aa  181  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  34.15 
 
 		 1756 aa  179  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  32.22 
 
 		 1955 aa  177  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  28.71 
 
 		 982 aa  177  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  32.3 
 
 		 542 aa  176  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  36.86 
 
 		 1010 aa  175  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  28.8 
 
 		 943 aa  162  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  34.32 
 
 		 1170 aa  159  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  30.71 
 
 		 1936 aa  154  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.67 
 
 		 1665 aa  154  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.29 
 
 		 1986 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.49 
 
 		 1986 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.44 
 
 		 1986 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.49 
 
 		 1986 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.49 
 
 		 1986 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.49 
 
 		 1986 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  27.29 
 
 		 875 aa  147  8.000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  30.9 
 
 		 1351 aa  147  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  27.59 
 
 		 612 aa  138  5e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  34.3 
 
 		 379 aa  135  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7352  hypothetical protein  98.57 
 
 		 164 aa  134  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4138  hypothetical protein  98.57 
 
 		 164 aa  134  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  28.37 
 
 		 919 aa  132  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  29.5 
 
 		 870 aa  125  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  33.06 
 
 		 910 aa  125  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1428 aa  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.09 
 
 		 907 aa  118  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.37 
 
 		 918 aa  112  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  31.89 
 
 		 957 aa  112  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  35.32 
 
 		 322 aa  112  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  31.5 
 
 		 1087 aa  102  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  28.44 
 
 		 907 aa  102  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  31.73 
 
 		 1093 aa  100  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  30.18 
 
 		 907 aa  98.6  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  34.36 
 
 		 945 aa  98.2  8e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  33.93 
 
 		 944 aa  95.5  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  36 
 
 		 1967 aa  95.1  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  36.4 
 
 		 1976 aa  94.7  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  34.67 
 
 		 946 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  28.74 
 
 		 1000 aa  90.9  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  28.74 
 
 		 1000 aa  90.9  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  33.04 
 
 		 2090 aa  89.4  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  31.53 
 
 		 1623 aa  88.6  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  32.24 
 
 		 1797 aa  87.8  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  34.06 
 
 		 1836 aa  86.7  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.93 
 
 		 998 aa  87  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  31.25 
 
 		 1980 aa  86.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  34.46 
 
 		 1231 aa  86.3  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  30.6 
 
 		 1699 aa  84.3  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  31.69 
 
 		 1683 aa  84.7  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  30.25 
 
 		 1529 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  30.6 
 
 		 1681 aa  83.2  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  29.84 
 
 		 261 aa  82.8  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.48 
 
 		 981 aa  82  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  33.89 
 
 		 1175 aa  80.5  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  34.57 
 
 		 1026 aa  80.1  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  33.78 
 
 		 1386 aa  80.5  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  35.08 
 
 		 1176 aa  79.7  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  36 
 
 		 952 aa  79.3  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  34.6 
 
 		 1356 aa  78.6  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.46 
 
 		 1105 aa  78.2  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.09 
 
 		 1523 aa  78.2  0.0000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.09 
 
 		 1523 aa  78.2  0.0000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  31.85 
 
 		 1107 aa  78.2  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  28.25 
 
 		 1025 aa  77.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  36.93 
 
 		 1006 aa  77  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  36.87 
 
 		 968 aa  77  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  36.16 
 
 		 1102 aa  76.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  29.02 
 
 		 1068 aa  76.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.43 
 
 		 1245 aa  75.9  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  34.04 
 
 		 998 aa  74.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  36.21 
 
 		 1039 aa  74.3  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  33.33 
 
 		 952 aa  74.3  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  34.95 
 
 		 1100 aa  73.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  40 
 
 		 559 aa  73.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  36.26 
 
 		 1034 aa  73.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  35.42 
 
 		 669 aa  73.2  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  36.81 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  29.33 
 
 		 1184 aa  73.2  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  36.81 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  36.22 
 
 		 1123 aa  72.8  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  34.74 
 
 		 1102 aa  72.4  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.79 
 
 		 1174 aa  71.6  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.02 
 
 		 985 aa  71.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  35.59 
 
 		 1107 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  41.94 
 
 		 982 aa  70.1  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  34.04 
 
 		 1536 aa  70.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.76 
 
 		 1102 aa  70.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>