More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3440 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3440  putative short chain dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  500  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.08 
 
 
261 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.696622  normal  0.57076 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.34 
 
 
261 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.337178 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.38 
 
 
261 aa  385  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.82 
 
 
269 aa  345  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.41 
 
 
261 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.203638  normal  0.0877648 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.88 
 
 
261 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283398  normal  0.300878 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.75 
 
 
261 aa  332  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
261 aa  306  3e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.07 
 
 
261 aa  288  8e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.53 
 
 
262 aa  229  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  48.05 
 
 
261 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
262 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.25 
 
 
266 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
259 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
262 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
262 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
260 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.53 
 
 
260 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
263 aa  186  3e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
260 aa  179  4e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
261 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
261 aa  178  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
259 aa  178  1e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
260 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
260 aa  171  7.999999999999999e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
263 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
261 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
257 aa  168  8e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
262 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
264 aa  158  7e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
262 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.41 
 
 
268 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
267 aa  158  1e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
259 aa  157  2e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
237 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
259 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
247 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
237 aa  155  9e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
261 aa  154  1e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
259 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
259 aa  153  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  40.31 
 
 
258 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
260 aa  152  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
271 aa  152  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  39.45 
 
 
259 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
278 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
263 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
245 aa  151  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
253 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
261 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
264 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
260 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.35 
 
 
269 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
259 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
263 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
259 aa  148  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.33 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
262 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
259 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 
276 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
259 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.31 
 
 
325 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0721  2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase  38.89 
 
 
255 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
259 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
259 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  40.84 
 
 
263 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
248 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
259 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.13 
 
 
259 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
259 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
265 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
259 aa  142  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
259 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
255 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
262 aa  142  7e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
260 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
259 aa  141  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
259 aa  141  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
259 aa  141  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1608  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000263068  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
263 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
262 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
261 aa  139  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
255 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111492  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000339194  hitchhiker  0.00000190522 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2034  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
259 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1214  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>