148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3285 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  100 
 
 
302 aa  614  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  98.34 
 
 
302 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.1 
 
 
301 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  66.22 
 
 
297 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  64.55 
 
 
300 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  62.88 
 
 
300 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  62.88 
 
 
300 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  61.87 
 
 
300 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  60.54 
 
 
300 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  57.91 
 
 
298 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  42.71 
 
 
296 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  42.37 
 
 
310 aa  249  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  41.69 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  41.69 
 
 
350 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  41.69 
 
 
368 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  41.36 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  41.02 
 
 
296 aa  242  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.55 
 
 
924 aa  242  6e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  43.49 
 
 
308 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  45.12 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.25 
 
 
340 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  42.66 
 
 
306 aa  229  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  39.18 
 
 
297 aa  227  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  42.32 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  42.32 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  42.32 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  42.32 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  42.32 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  40.53 
 
 
308 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  42.28 
 
 
309 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  41.61 
 
 
309 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  41.61 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  41.28 
 
 
309 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  41.61 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  41.61 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  41.98 
 
 
306 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  41.98 
 
 
306 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  41.61 
 
 
309 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  41.61 
 
 
309 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  40.6 
 
 
309 aa  219  6e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  40.65 
 
 
318 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  42.41 
 
 
303 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  40.41 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  37.67 
 
 
298 aa  215  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.57 
 
 
300 aa  215  7e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.66 
 
 
305 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  40.77 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  38.97 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  37.33 
 
 
298 aa  211  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  38.62 
 
 
301 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  39.93 
 
 
310 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  36.03 
 
 
298 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  35.69 
 
 
298 aa  206  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  36.05 
 
 
298 aa  206  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  35.69 
 
 
298 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  36.46 
 
 
297 aa  203  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  37.54 
 
 
298 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  37.63 
 
 
371 aa  202  7e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  37.2 
 
 
298 aa  195  8.000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  37.68 
 
 
301 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  36.08 
 
 
305 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.74 
 
 
305 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  33.22 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.22 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 
312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  34.87 
 
 
237 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  33.45 
 
 
290 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  33.84 
 
 
294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.47 
 
 
294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  34.85 
 
 
294 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  29.01 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  30.95 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  30.42 
 
 
297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  33.08 
 
 
287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.32 
 
 
289 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  29.27 
 
 
313 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  31.8 
 
 
299 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  29.76 
 
 
295 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  29.21 
 
 
307 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 
297 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  29.55 
 
 
304 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.59 
 
 
284 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  28.17 
 
 
297 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  29.96 
 
 
311 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  27.16 
 
 
308 aa  99.4  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  37.18 
 
 
308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  28.85 
 
 
271 aa  99  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  37.18 
 
 
308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  36.54 
 
 
308 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  29.07 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  36.54 
 
 
308 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  29.97 
 
 
308 aa  96.3  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  29.62 
 
 
308 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  28.96 
 
 
301 aa  95.1  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  28.28 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  29.54 
 
 
303 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  35.26 
 
 
308 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  32.05 
 
 
307 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.33 
 
 
330 aa  88.6  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  27.4 
 
 
307 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>