More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2804 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
376 aa  769    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  99.47 
 
 
376 aa  766    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.45 
 
 
376 aa  649    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.05 
 
 
376 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  92.82 
 
 
388 aa  722    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.11 
 
 
380 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.32 
 
 
376 aa  624  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.16 
 
 
375 aa  542  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.41 
 
 
374 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.31 
 
 
379 aa  522  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.48 
 
 
414 aa  509  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
371 aa  504  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.76 
 
 
375 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.1 
 
 
376 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.56 
 
 
376 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.77 
 
 
376 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.48 
 
 
383 aa  494  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.2 
 
 
379 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.1 
 
 
376 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.92 
 
 
383 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.92 
 
 
379 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.77 
 
 
376 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.24 
 
 
384 aa  484  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.27 
 
 
387 aa  483  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.32 
 
 
386 aa  478  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.07 
 
 
383 aa  476  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.9 
 
 
378 aa  471  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.8 
 
 
377 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.16 
 
 
378 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.7 
 
 
377 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.43 
 
 
378 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.13 
 
 
376 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.19 
 
 
380 aa  459  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.98 
 
 
371 aa  448  1e-125  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.87 
 
 
377 aa  449  1e-125  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.39 
 
 
370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.56 
 
 
395 aa  447  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.9 
 
 
374 aa  441  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.51 
 
 
377 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.6 
 
 
382 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.2 
 
 
377 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.25 
 
 
385 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
377 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  59.73 
 
 
371 aa  438  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.34 
 
 
377 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.47 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.47 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.47 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.2 
 
 
374 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.24 
 
 
377 aa  435  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.19 
 
 
380 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
377 aa  435  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
370 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.47 
 
 
374 aa  435  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
377 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
370 aa  433  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
377 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.97 
 
 
380 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.65 
 
 
374 aa  433  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.24 
 
 
374 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 
373 aa  429  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.04 
 
 
381 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.49 
 
 
377 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.61 
 
 
377 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.95 
 
 
377 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
372 aa  428  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.38 
 
 
385 aa  428  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.99 
 
 
373 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.02 
 
 
371 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.42 
 
 
371 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.49 
 
 
391 aa  425  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 
372 aa  425  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.16 
 
 
374 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.5 
 
 
377 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.01 
 
 
370 aa  426  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.01 
 
 
372 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.74 
 
 
370 aa  422  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.87 
 
 
375 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.94 
 
 
374 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.22 
 
 
374 aa  421  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.95 
 
 
371 aa  421  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.89 
 
 
387 aa  420  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.93 
 
 
383 aa  420  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.72 
 
 
381 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
355 aa  419  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.74 
 
 
375 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 
379 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.46 
 
 
374 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.59 
 
 
372 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.72 
 
 
381 aa  420  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.11 
 
 
382 aa  415  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.3 
 
 
387 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.42 
 
 
371 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.77 
 
 
370 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 
378 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.25 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>