More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2410 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
298 aa  607  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
298 aa  607  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  95.64 
 
 
298 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  83.56 
 
 
301 aa  514  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  83.33 
 
 
299 aa  504  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  84.23 
 
 
298 aa  500  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  79.19 
 
 
298 aa  498  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  71.33 
 
 
340 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 
300 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 
295 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  68.18 
 
 
295 aa  396  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  387  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.38 
 
 
303 aa  389  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
301 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.73 
 
 
299 aa  385  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  64.51 
 
 
302 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  66.21 
 
 
308 aa  384  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  68.93 
 
 
300 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  66.78 
 
 
299 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  68.84 
 
 
303 aa  381  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  64.75 
 
 
301 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  65 
 
 
296 aa  381  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  64.86 
 
 
302 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  67.83 
 
 
296 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  66.08 
 
 
299 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  64.97 
 
 
300 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
296 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  63.83 
 
 
295 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  68.36 
 
 
303 aa  376  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  68 
 
 
303 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  62.29 
 
 
299 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  66.32 
 
 
297 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  64.16 
 
 
297 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  64.73 
 
 
297 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  64.16 
 
 
297 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  62.41 
 
 
303 aa  368  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  60.62 
 
 
306 aa  349  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  44.95 
 
 
300 aa  265  8.999999999999999e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  45.76 
 
 
297 aa  259  4e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.54 
 
 
290 aa  246  4e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  43.87 
 
 
297 aa  243  3e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  45.1 
 
 
307 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.09 
 
 
305 aa  240  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  46.07 
 
 
329 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.07 
 
 
307 aa  235  6e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.07 
 
 
307 aa  235  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.72 
 
 
307 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
285 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.29 
 
 
284 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  44.84 
 
 
282 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
288 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  43.21 
 
 
279 aa  232  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  47.91 
 
 
293 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  47.91 
 
 
293 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.64 
 
 
326 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
283 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
285 aa  229  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
285 aa  229  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  228  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
291 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.57 
 
 
285 aa  226  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  43.57 
 
 
277 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
289 aa  225  8e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  44.25 
 
 
281 aa  224  9e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.99 
 
 
286 aa  224  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
284 aa  224  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  44.92 
 
 
311 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  44.92 
 
 
311 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  45.31 
 
 
311 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
285 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.84 
 
 
289 aa  222  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  47.08 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  47.08 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 
286 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  40.21 
 
 
288 aa  221  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  42.05 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.79 
 
 
280 aa  219  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.5 
 
 
285 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  43.53 
 
 
287 aa  219  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  46.39 
 
 
287 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
281 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.54 
 
 
350 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  46.32 
 
 
292 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>