More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2313 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  99.7 
 
 
328 aa  659  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  100 
 
 
328 aa  660  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  92.38 
 
 
328 aa  585  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  80.79 
 
 
328 aa  532  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  78.96 
 
 
328 aa  527  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  75 
 
 
328 aa  521  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  81.79 
 
 
336 aa  514  1e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  66.46 
 
 
328 aa  452  1e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  68 
 
 
334 aa  437  1e-122  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  66.87 
 
 
333 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  66.46 
 
 
334 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  65.23 
 
 
332 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  65.85 
 
 
334 aa  425  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  65.85 
 
 
334 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  65.85 
 
 
334 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  64.51 
 
 
334 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  65.23 
 
 
333 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  65.23 
 
 
333 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  65.54 
 
 
333 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  64.92 
 
 
333 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  63.89 
 
 
334 aa  422  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  64.81 
 
 
331 aa  418  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  64.62 
 
 
333 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  63.58 
 
 
360 aa  419  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  63.64 
 
 
330 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.07425e-10 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  62.96 
 
 
331 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64.31 
 
 
333 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64.62 
 
 
333 aa  416  1e-115  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  62.88 
 
 
333 aa  412  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  61.89 
 
 
328 aa  412  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  62.2 
 
 
357 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  62.35 
 
 
333 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  62.35 
 
 
333 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  60.37 
 
 
334 aa  405  1e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  57.63 
 
 
332 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  54.21 
 
 
339 aa  351  8e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  56.56 
 
 
332 aa  333  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  45.91 
 
 
317 aa  276  4e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  44.79 
 
 
323 aa  270  3e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.56 
 
 
324 aa  266  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  44.87 
 
 
319 aa  264  1e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.99 
 
 
320 aa  259  4e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.9 
 
 
338 aa  257  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  9.16966e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  42.72 
 
 
321 aa  253  4e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.48 
 
 
319 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.75 
 
 
327 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.67 
 
 
327 aa  248  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  43.12 
 
 
323 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  38.22 
 
 
319 aa  246  4e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.72 
 
 
323 aa  243  3e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  45.59 
 
 
274 aa  242  5e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.45 
 
 
318 aa  242  7e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  43.85 
 
 
327 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.32 
 
 
326 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.62 
 
 
323 aa  240  3e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  46.3 
 
 
311 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  43.81 
 
 
324 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  42.19 
 
 
319 aa  236  5e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  39.63 
 
 
334 aa  234  2e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.66306e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.1 
 
 
315 aa  233  4e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.31 
 
 
332 aa  231  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.14509e-07 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  42.38 
 
 
322 aa  230  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  43.3 
 
 
327 aa  230  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  43.79 
 
 
315 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  43.08 
 
 
340 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.55 
 
 
322 aa  228  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.38 
 
 
316 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  43.12 
 
 
341 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.51 
 
 
329 aa  228  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.38 
 
 
331 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.87 
 
 
326 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.87 
 
 
326 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.06 
 
 
315 aa  226  5e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  40.44 
 
 
339 aa  224  1e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.68 
 
 
323 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1511  putative 2-hydroxyacid dehydrogenase  41.16 
 
 
330 aa  223  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.480657  normal  0.0780281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.98 
 
 
335 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2855  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.17 
 
 
345 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0811  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.16 
 
 
329 aa  223  5e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.868894  normal  0.495014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  39.26 
 
 
329 aa  222  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1062  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.44 
 
 
329 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  5.58591e-05  normal  0.288694 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1103  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.44 
 
 
329 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341973  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0624  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.44 
 
 
329 aa  221  1e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1298  glycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
323 aa  220  2e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.952061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3305  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.45 
 
 
326 aa  220  2e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106249  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.13 
 
 
323 aa  221  2e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2929  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.75 
 
 
329 aa  221  2e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.501657  normal  0.548764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.71 
 
 
323 aa  219  4e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1468  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  40.71 
 
 
323 aa  219  4e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2809  glyoxylate reductase  39.37 
 
 
348 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00726035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  40.81 
 
 
318 aa  219  5e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3876  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.03 
 
 
323 aa  219  5e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.81 
 
 
316 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  40 
 
 
316 aa  219  6e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4216  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.13 
 
 
329 aa  218  8e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.243967  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1506  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.03 
 
 
339 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0180022 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1434  glycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
323 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.215188  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1535  glycerate dehydrogenase  42.12 
 
 
323 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1325  glycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
323 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2926  2-hydroxyacid dehydrogenase  39.18 
 
 
329 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00357192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>