More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2277 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 		 329 aa  636    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  100 
 
 		 329 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  93.62 
 
 		 329 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  81.16 
 
 		 329 aa  535  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  83.08 
 
 		 326 aa  520  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  78.05 
 
 		 328 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  76.22 
 
 		 328 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  54.32 
 
 		 309 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  55.28 
 
 		 309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  56.21 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  54.94 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.94 
 
 		 309 aa  309  5e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  54.63 
 
 		 309 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  56.52 
 
 		 310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  55.11 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.92 
 
 		 293 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  51.67 
 
 		 304 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  52.28 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  51.06 
 
 		 304 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  53.29 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  54.32 
 
 		 309 aa  292  6e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  54.43 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  52.19 
 
 		 293 aa  288  9e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 293 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.4 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  54.23 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  49.69 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.17 
 
 		 293 aa  281  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.46 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  51.86 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  51.67 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  53.94 
 
 		 315 aa  278  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  50.62 
 
 		 293 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  49.84 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  31.15 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 297 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.28 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  29.57 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  31.68 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.6 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.68 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.68 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  29.57 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.37 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.54 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.46 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.42 
 
 		 335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.92 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  30.21 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 293 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 291 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.46 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.18 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.31 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.31 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  30.37 
 
 		 290 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>