More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1392 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  89.63 
 
 		 504 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  100 
 
 		 504 aa  915    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  99.21 
 
 		 504 aa  911    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  58.47 
 
 		 521 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  58 
 
 		 523 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  37.89 
 
 		 516 aa  292  8e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  36.79 
 
 		 516 aa  291  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  39.32 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  43.6 
 
 		 531 aa  283  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  39.87 
 
 		 543 aa  279  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  38.55 
 
 		 536 aa  276  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  39.63 
 
 		 536 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  39.63 
 
 		 536 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  39.63 
 
 		 536 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  39.63 
 
 		 536 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  39.63 
 
 		 536 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.576888 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  38.68 
 
 		 536 aa  272  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  38.46 
 
 		 536 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  38.01 
 
 		 536 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  38.46 
 
 		 536 aa  270  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  38.46 
 
 		 536 aa  270  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  38.46 
 
 		 536 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  39.17 
 
 		 540 aa  269  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  38.25 
 
 		 536 aa  269  7e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  38.46 
 
 		 536 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  38.66 
 
 		 535 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  38.46 
 
 		 536 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  38.44 
 
 		 535 aa  267  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  38.44 
 
 		 535 aa  266  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 541 aa  266  7e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  36.52 
 
 		 534 aa  265  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  38.06 
 
 		 509 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  43.82 
 
 		 555 aa  260  5.0000000000000005e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  41.68 
 
 		 535 aa  255  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  43.3 
 
 		 542 aa  252  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  38.66 
 
 		 535 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  36.54 
 
 		 535 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0583  thiamine transporter membrane protein  41 
 
 		 537 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  40.43 
 
 		 536 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  31.47 
 
 		 514 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  50.66 
 
 		 545 aa  170  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.27 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.83 
 
 		 565 aa  118  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 		 565 aa  108  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 		 634 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 		 544 aa  101  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.51 
 
 		 515 aa  98.6  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 		 663 aa  98.6  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 		 597 aa  99  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 		 532 aa  96.7  8e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 		 572 aa  95.9  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.75 
 
 		 540 aa  83.6  0.000000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 		 550 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0290  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0286  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0289  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0282  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 		 528 aa  80.1  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  29.02 
 
 		 560 aa  79.7  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 		 564 aa  79.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0278  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.84 
 
 		 226 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123104 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3743  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.84 
 
 		 226 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0584009 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4447  molybdenum ABC transporter, permease protein  31.84 
 
 		 226 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0087  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.44 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0394  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  37.17 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0279  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.34 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19470  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  35.64 
 
 		 576 aa  77  0.0000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1306  molybdate ABC transporter, permease protein  29.82 
 
 		 268 aa  76.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.606425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0093  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.09 
 
 		 226 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.30684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2546  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.87 
 
 		 282 aa  76.6  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.914305 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  36.51 
 
 		 269 aa  76.3  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4787  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.57 
 
 		 226 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00784926  hitchhiker  0.000000216421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4114  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.09 
 
 		 226 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3985  molybdate ABC transporter permease  35.82 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04170  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  34.6 
 
 		 592 aa  74.7  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0420701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.97 
 
 		 574 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2821  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.33 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000164471  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1820  NifC-like ABC-type porter  29.95 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0980695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3747  NifC-like ABC-type porter  37.22 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1949  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18130  NifC-like ABC-type porter/molybdate ABC transporter, permease protein  35.45 
 
 		 256 aa  72.8  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0223679  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  35.79 
 
 		 551 aa  73.2  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07120  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.86 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3530  molybdenum ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 		 225 aa  72  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.39 
 
 		 512 aa  72  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1654  NifC-like ABC-type porter  27.8 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  36.81 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.92 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.65 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4346  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  36.23 
 
 		 272 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1397  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.11 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4969  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.5 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2537  NifC-like ABC-type porter  36.63 
 
 		 269 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.228317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0106  molybdate ABC transporter permease  31.47 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0139965  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1758  NifC-like ABC-type porter  26.15 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2328  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  28.71 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000348346  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1021  NifC-like ABC-type porter  27.91 
 
 		 260 aa  67  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>