More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1151 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  100 
 
 
328 aa  657    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.7 
 
 
328 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  89.02 
 
 
328 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  70.86 
 
 
329 aa  478  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  68.71 
 
 
327 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  68.9 
 
 
327 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.02 
 
 
330 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.82 
 
 
381 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.04 
 
 
328 aa  318  6e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  50.78 
 
 
328 aa  312  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  50.78 
 
 
328 aa  312  5.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.66 
 
 
323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  51.4 
 
 
389 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
326 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  48.75 
 
 
336 aa  299  3e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.25 
 
 
321 aa  299  4e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  50.47 
 
 
326 aa  299  5e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  53.25 
 
 
328 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  50.31 
 
 
335 aa  296  5e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  52.02 
 
 
389 aa  295  8e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.56 
 
 
326 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.13 
 
 
381 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  50.47 
 
 
389 aa  291  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  52.96 
 
 
325 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.53 
 
 
412 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.75 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  47.51 
 
 
340 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
353 aa  280  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.22 
 
 
321 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  50 
 
 
318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  49.22 
 
 
321 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.53 
 
 
321 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
349 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.78 
 
 
322 aa  257  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  50.78 
 
 
322 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.79 
 
 
316 aa  249  6e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.33 
 
 
312 aa  248  8e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.31 
 
 
307 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.38 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  50.16 
 
 
312 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.36 
 
 
316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
308 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  34.18 
 
 
320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  33.54 
 
 
320 aa  211  2e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  38.85 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 
310 aa  192  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  39.8 
 
 
375 aa  189  5.999999999999999e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
318 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.17 
 
 
318 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
321 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
314 aa  169  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  34.64 
 
 
317 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  35.14 
 
 
317 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  34.34 
 
 
318 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.62 
 
 
345 aa  158  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  36.96 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
319 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  31.29 
 
 
340 aa  150  3e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36 
 
 
316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
319 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  33.86 
 
 
319 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  32.29 
 
 
338 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
338 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.18 
 
 
319 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  32.42 
 
 
320 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
312 aa  140  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
320 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  32.44 
 
 
334 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
296 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.43 
 
 
340 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  32.82 
 
 
334 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  35.53 
 
 
411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.7 
 
 
319 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.62 
 
 
294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  27.09 
 
 
397 aa  126  5e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
309 aa  126  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  27.9 
 
 
382 aa  125  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
302 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  30.31 
 
 
302 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  32.06 
 
 
334 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
302 aa  123  4e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
316 aa  123  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
287 aa  122  6e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
295 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.7 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.7 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>