125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0667 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  100 
 
 
274 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  100 
 
 
274 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  91.97 
 
 
274 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  47.48 
 
 
281 aa  218  8.999999999999998e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  47.64 
 
 
272 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  45.04 
 
 
283 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0688  hypothetical protein  46.47 
 
 
309 aa  201  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.17746  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  26.46 
 
 
307 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  36.04 
 
 
345 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  25.58 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  31.45 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  30.4 
 
 
279 aa  65.9  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.87 
 
 
328 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  31.54 
 
 
386 aa  64.7  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  31.78 
 
 
488 aa  62.8  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
341 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  31.78 
 
 
488 aa  62.8  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  32.8 
 
 
341 aa  62  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  26.07 
 
 
505 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  30.16 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  32.43 
 
 
333 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  30.97 
 
 
345 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 
270 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  29.03 
 
 
321 aa  59.3  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  31.58 
 
 
395 aa  58.9  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  31.03 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  30.28 
 
 
339 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  25.89 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  27.5 
 
 
272 aa  57  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  27.5 
 
 
272 aa  57  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  27.78 
 
 
325 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  31.82 
 
 
313 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  28.23 
 
 
345 aa  55.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  28.7 
 
 
323 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  26.83 
 
 
236 aa  55.8  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  22.35 
 
 
312 aa  55.8  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  27.01 
 
 
284 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  26.07 
 
 
283 aa  55.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  25.81 
 
 
335 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
257 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  26.12 
 
 
304 aa  53.1  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  20.95 
 
 
261 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0364  hypothetical protein  26.64 
 
 
305 aa  52.8  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.947228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  20.95 
 
 
261 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  28.46 
 
 
268 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  28.46 
 
 
268 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  28.46 
 
 
268 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  28.46 
 
 
271 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  22.18 
 
 
249 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  25.98 
 
 
252 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 
336 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
305 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  20.95 
 
 
274 aa  50.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  25.24 
 
 
271 aa  50.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  23.81 
 
 
348 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  31.39 
 
 
268 aa  49.7  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  23.28 
 
 
263 aa  49.3  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  23.21 
 
 
269 aa  49.7  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  31.11 
 
 
327 aa  49.3  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  27.45 
 
 
258 aa  49.3  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  21.77 
 
 
252 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  23.5 
 
 
257 aa  48.9  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  25.71 
 
 
239 aa  48.9  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  23.05 
 
 
272 aa  48.5  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  29.05 
 
 
329 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 
269 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 
269 aa  47.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 
269 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  23.19 
 
 
249 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  22.5 
 
 
283 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 
248 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  22.92 
 
 
283 aa  47.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  26.92 
 
 
274 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  32.67 
 
 
263 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  21.86 
 
 
333 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  27.45 
 
 
264 aa  47.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 
308 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  20.63 
 
 
271 aa  46.6  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  25.45 
 
 
258 aa  46.2  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  23.42 
 
 
269 aa  46.2  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 
253 aa  46.2  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 
274 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  25.45 
 
 
258 aa  45.8  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  28.83 
 
 
262 aa  45.4  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  25.99 
 
 
254 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  32.31 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  23.77 
 
 
266 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  28 
 
 
248 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  22.46 
 
 
285 aa  44.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  25.25 
 
 
272 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  22.38 
 
 
273 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  27.48 
 
 
279 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  29.81 
 
 
275 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  23.42 
 
 
272 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  22.86 
 
 
262 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  22.86 
 
 
262 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>