91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0604 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  100 
 
 		 456 aa  906    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  44.25 
 
 		 701 aa  279  8e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  40.09 
 
 		 892 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  43.56 
 
 		 897 aa  259  9e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  42.63 
 
 		 906 aa  247  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  43.18 
 
 		 897 aa  242  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  42.96 
 
 		 897 aa  242  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  43.59 
 
 		 899 aa  240  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  41.67 
 
 		 912 aa  236  4e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  38.53 
 
 		 908 aa  236  9e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  39.85 
 
 		 921 aa  233  6e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  36.84 
 
 		 904 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  39.13 
 
 		 907 aa  225  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  37.93 
 
 		 915 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  40.24 
 
 		 899 aa  219  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  40.06 
 
 		 885 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  39.61 
 
 		 892 aa  217  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  41.31 
 
 		 912 aa  217  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  39.64 
 
 		 899 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  36.29 
 
 		 887 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  35.79 
 
 		 887 aa  213  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  40.22 
 
 		 883 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  39.56 
 
 		 920 aa  210  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  34.23 
 
 		 888 aa  194  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  33.78 
 
 		 888 aa  190  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  33.78 
 
 		 888 aa  189  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2257  phage integrase family protein  96.7 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0034941  normal  0.642714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.9 
 
 		 885 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  34.04 
 
 		 854 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  31.28 
 
 		 823 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  35.19 
 
 		 899 aa  152  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  35.19 
 
 		 854 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  34.31 
 
 		 905 aa  150  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  31.97 
 
 		 860 aa  149  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  34.25 
 
 		 944 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  34.59 
 
 		 919 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.76 
 
 		 971 aa  146  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  32.04 
 
 		 879 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  33.52 
 
 		 860 aa  144  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  32.98 
 
 		 887 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  33.78 
 
 		 929 aa  138  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  27.19 
 
 		 908 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  31.75 
 
 		 837 aa  136  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  33.92 
 
 		 901 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  32.26 
 
 		 965 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  33.55 
 
 		 594 aa  134  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  35.06 
 
 		 927 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  35.14 
 
 		 922 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  31.55 
 
 		 871 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  34.4 
 
 		 968 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  35.08 
 
 		 1540 aa  127  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  32.29 
 
 		 868 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  27.76 
 
 		 948 aa  124  4e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  32.97 
 
 		 918 aa  123  8e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.58 
 
 		 970 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  30.27 
 
 		 832 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  33.43 
 
 		 881 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  31.64 
 
 		 888 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  33.9 
 
 		 876 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  32.88 
 
 		 887 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.99 
 
 		 944 aa  109  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  36.23 
 
 		 857 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  31.03 
 
 		 871 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.5 
 
 		 885 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  31.36 
 
 		 933 aa  101  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  30.51 
 
 		 986 aa  97.8  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  31.05 
 
 		 943 aa  92.8  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.3 
 
 		 962 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  30.74 
 
 		 729 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5804  integrase family protein  45.68 
 
 		 417 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3311  phage integrase  47.46 
 
 		 404 aa  72.4  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3365  phage integrase  42.68 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  26.13 
 
 		 763 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3869  integrase family protein  50.94 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  25.49 
 
 		 750 aa  63.5  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  24.83 
 
 		 741 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  25.07 
 
 		 778 aa  59.3  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  20.99 
 
 		 737 aa  55.8  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4124  integrase family protein  35.96 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1905  integrase family protein  43.86 
 
 		 440 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.583274 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.59 
 
 		 750 aa  50.8  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  27.64 
 
 		 795 aa  50.8  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  33.71 
 
 		 368 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  43.64 
 
 		 353 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  28.9 
 
 		 783 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  38.67 
 
 		 791 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  25.53 
 
 		 762 aa  46.6  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  29.28 
 
 		 779 aa  44.7  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  39.62 
 
 		 322 aa  43.9  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  23.51 
 
 		 744 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  28.28 
 
 		 850 aa  43.5  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>