72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0257 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  100 
 
 		 282 aa  566  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  100 
 
 		 282 aa  566  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  95.74 
 
 		 282 aa  524  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  73.74 
 
 		 279 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  72 
 
 		 277 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  67.99 
 
 		 281 aa  401  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  70.76 
 
 		 277 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  68.95 
 
 		 277 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  70.76 
 
 		 277 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  70.18 
 
 		 276 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  70.91 
 
 		 302 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  68.86 
 
 		 274 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  68.86 
 
 		 274 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  68.86 
 
 		 274 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  67.03 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  68.13 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  64.6 
 
 		 276 aa  373  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  67.03 
 
 		 274 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  40.29 
 
 		 641 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  40.07 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  38.85 
 
 		 643 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  33.96 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  33.72 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  33.72 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  33.72 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  34.36 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  33.33 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  32.95 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  33.86 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  33.86 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  33.86 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  31.47 
 
 		 330 aa  128  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  33.33 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  30.55 
 
 		 325 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  31.01 
 
 		 321 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  30.18 
 
 		 325 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  30.18 
 
 		 325 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  29.09 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  30.83 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  31.84 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.57 
 
 		 352 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.57 
 
 		 352 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.34 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  24.34 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  22.65 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  22.65 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000139889  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  27.21 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  27.21 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  27.21 
 
 		 351 aa  50.4  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  24.81 
 
 		 358 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  27.21 
 
 		 370 aa  50.1  0.00004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1230  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.57 
 
 		 352 aa  49.7  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.0000000683761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08431  photosystem II PsbD protein (D2)  27.68 
 
 		 361 aa  48.9  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  24.81 
 
 		 358 aa  48.9  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3778  photosystem II D2 protein  22.1 
 
 		 351 aa  48.9  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000016634  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1059  photosystem II D2 protein  22.1 
 
 		 351 aa  48.9  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00303262  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1637  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.2 
 
 		 352 aa  48.5  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.719245  normal  0.411385 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0655  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  25.2 
 
 		 352 aa  48.5  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13491  photosystem II PsbD protein (D2)  26.96 
 
 		 358 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  26.96 
 
 		 358 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13341  photosystem II PsbD protein (D2)  26.96 
 
 		 358 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13241  photosystem II PsbD protein (D2)  26.96 
 
 		 358 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0553037  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12331  photosystem II PsbD protein (D2)  27.83 
 
 		 358 aa  47  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.153207 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  28.89 
 
 		 356 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1960  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.55 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0056  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.55 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0054  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.55 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000310792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1987  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.55 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000347488  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.9 
 
 		 360 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000169219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  28.15 
 
 		 356 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  25.52 
 
 		 358 aa  42.4  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  25.52 
 
 		 358 aa  42.4  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>