191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0247 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  100 
 
 
255 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  99.61 
 
 
255 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  87.25 
 
 
255 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  62.4 
 
 
261 aa  300  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.74 
 
 
248 aa  292  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  59.75 
 
 
238 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  55.69 
 
 
247 aa  274  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.76 
 
 
292 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  40.76 
 
 
276 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.1 
 
 
293 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39 
 
 
293 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  39.06 
 
 
284 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.29 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.07 
 
 
294 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  41.18 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  37.93 
 
 
284 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.04 
 
 
293 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  36.78 
 
 
293 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  39.62 
 
 
283 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  34.89 
 
 
293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  36.69 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.26 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  36.99 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.16 
 
 
222 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  36.19 
 
 
284 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  35.77 
 
 
284 aa  122  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 
288 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  34.52 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.7 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  33.33 
 
 
279 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  33.73 
 
 
287 aa  118  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.22 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  39.11 
 
 
275 aa  109  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.49 
 
 
328 aa  107  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  27.6 
 
 
268 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.52 
 
 
273 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  31.85 
 
 
286 aa  105  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  32.4 
 
 
287 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  32.4 
 
 
287 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  30.86 
 
 
291 aa  102  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  38.57 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  23.79 
 
 
278 aa  93.2  4e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  23.08 
 
 
278 aa  89.7  4e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  34.62 
 
 
306 aa  88.2  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.97 
 
 
354 aa  86.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.71 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.9 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.32 
 
 
347 aa  75.5  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  28.52 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  28.63 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  23.96 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.57 
 
 
354 aa  72.4  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.83 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  25.64 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  25.64 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.88 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  28.2 
 
 
657 aa  69.3  0.00000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.07 
 
 
348 aa  68.9  0.00000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  28.52 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.3 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  30.73 
 
 
319 aa  66.2  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.3 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  24.39 
 
 
310 aa  65.5  0.0000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  27.21 
 
 
311 aa  65.5  0.0000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.21 
 
 
311 aa  65.5  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  27.82 
 
 
316 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  27.43 
 
 
315 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  28.05 
 
 
345 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  27.13 
 
 
323 aa  62.4  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  22.06 
 
 
302 aa  62.4  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  25.97 
 
 
349 aa  62  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  26.87 
 
 
308 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.08 
 
 
336 aa  61.2  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  25 
 
 
320 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.5 
 
 
344 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  34.88 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.35 
 
 
344 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.35 
 
 
344 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  34.88 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  25.63 
 
 
310 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.5 
 
 
344 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.1 
 
 
318 aa  59.7  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0505  folate-binding protein YgfZ  30.52 
 
 
277 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  normal  0.803186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.61 
 
 
339 aa  59.7  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0266  folate-binding protein YgfZ  26.95 
 
 
362 aa  59.3  0.00000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  hitchhiker  0.0098053 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  27 
 
 
361 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.92 
 
 
344 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  27 
 
 
357 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  40.28 
 
 
438 aa  58.5  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.73 
 
 
335 aa  58.5  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  24.34 
 
 
356 aa  58.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.52 
 
 
323 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.64 
 
 
320 aa  57.4  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>