More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0188 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0188  hypothetical protein  100 
 
 
179 aa  351  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0587064  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1821  uncharacterized membrane-associated protein  99.44 
 
 
179 aa  350  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.274709 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1457  hypothetical protein  88.83 
 
 
179 aa  316  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2315  hypothetical protein  34.09 
 
 
176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.681701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3981  hypothetical protein  35.8 
 
 
176 aa  124  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2977  hypothetical protein  35.48 
 
 
176 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2766  SNARE associated Golgi protein  36.13 
 
 
176 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1652  hypothetical protein  33.91 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.276221  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2826  hypothetical protein  33.91 
 
 
176 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0614452  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0246  DedA family protein  38.79 
 
 
176 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.10117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2485  DedA family integral membrane protein  34.84 
 
 
176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6468  hypothetical protein  36.77 
 
 
173 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.379701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0306  hypothetical protein  37.42 
 
 
173 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1293  dedA family protein  36.77 
 
 
220 aa  102  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1333  dedA family protein  36.13 
 
 
220 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.914504  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1470  secretion system protein Y  31.79 
 
 
678 aa  99  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1513  secretion system protein Y  31.79 
 
 
678 aa  99  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3203  SNARE associated Golgi protein  35.67 
 
 
174 aa  98.2  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.473398  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0612  hypothetical protein  32.47 
 
 
255 aa  97.8  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.833845  normal  0.0113808 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0109  inner membrane protein YabI  31.17 
 
 
255 aa  96.3  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3643  hypothetical protein  39.13 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3947  hypothetical protein  39.13 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0116  inner membrane protein YabI  31.17 
 
 
255 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0531924 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0269  DedA family protein  39.13 
 
 
176 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.867407  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00067  conserved inner membrane protein  30.52 
 
 
254 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3534  SNARE associated Golgi protein-like protein  31.17 
 
 
254 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0069  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.820004  normal  0.658906 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0057  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00066  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0116  inner membrane protein YabI  31.17 
 
 
255 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0111  hypothetical protein  31.17 
 
 
255 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.277229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3592  SNARE associated Golgi protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.305226  hitchhiker  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0070  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0069  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0112  inner membrane protein YabI  31.17 
 
 
255 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.372252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0067  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3105  hypothetical protein  35.5 
 
 
686 aa  92  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1851  SNARE associated Golgi protein  38.06 
 
 
220 aa  91.3  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0579  SNARE associated Golgi protein  32.47 
 
 
255 aa  91.3  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0431109  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0615  SNARE associated Golgi protein  31.48 
 
 
255 aa  89.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1058  hypothetical protein  38.55 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0557  DedA family protein  30.54 
 
 
232 aa  87.8  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.565091  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5208  SNARE associated Golgi protein  32.58 
 
 
241 aa  87.4  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1146  SNARE associated Golgi protein  36.77 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2010  phosphoesterase, PA-phosphatase related  33.11 
 
 
664 aa  85.9  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.362381  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2669  hypothetical protein  39.33 
 
 
173 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.618552 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2896  hypothetical protein  39.33 
 
 
173 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0774242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1172  phosphoesterase PA-phosphatase related  30 
 
 
676 aa  84.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.98006  normal  0.0665428 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0732  SNARE associated Golgi protein  30.52 
 
 
256 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.344697  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3417  hypothetical protein  29.25 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3545  SNARE associated Golgi protein  29.25 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2946  hypothetical protein  29.25 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.56313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1430  hypothetical protein  36.14 
 
 
173 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.87219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3626  SNARE associated Golgi protein  29.45 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3851  phosphoesterase PA-phosphatase related  31.85 
 
 
671 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.294206  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2791  hypothetical protein  38 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.557536 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3815  SNARE associated Golgi protein-related protein  28.66 
 
 
256 aa  79  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0055  DedA family protein  34.13 
 
 
641 aa  77.8  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.381333  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0537  DedA family protein  33.73 
 
 
211 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2003  hypothetical protein  29.52 
 
 
681 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248877  normal  0.0352178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0500  SNARE associated Golgi protein  28.07 
 
 
205 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249861  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4765  phosphoesterase PA-phosphatase related  28.92 
 
 
668 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000123092  hitchhiker  0.00379907 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0807  phosphoesterase, PA-phosphatase related  31.29 
 
 
664 aa  74.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.568795  normal  0.843348 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0497  hypothetical protein  29.09 
 
 
239 aa  72.4  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4992  SNARE associated Golgi protein  33.55 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02300  PAP2 superfamily protein  25.81 
 
 
695 aa  70.5  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4038  phosphoesterase, PA-phosphatase related  39.13 
 
 
662 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1538  phosphoesterase, PA-phosphatase related  32.88 
 
 
469 aa  69.7  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.819522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7566  hypothetical protein  28.03 
 
 
218 aa  69.3  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2482  dedA protein  31.88 
 
 
198 aa  68.9  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.323289  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4976  phosphoesterase, PA-phosphatase-like  26.8 
 
 
438 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135729  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11960  hypothetical protein  27.66 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0023163  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4831  PAP2 superfamily protein/DedA family protein  27.97 
 
 
438 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0735581  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1098  hypothetical protein  27.66 
 
 
437 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000441733  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3806  phosphoesterase, PA-phosphatase related  27.45 
 
 
438 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4371  DedA:phosphoesterase, PA-phosphatase related  27.27 
 
 
438 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.447762 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0540  hypothetical protein  29.59 
 
 
208 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30240  uncharacterized membrane-associated protein  31.51 
 
 
228 aa  64.3  0.0000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.397546 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1169  SNARE associated Golgi protein  26.8 
 
 
217 aa  62.4  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.922899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1764  SNARE associated Golgi protein  30.32 
 
 
223 aa  62.4  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000231934 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5157  SNARE associated Golgi protein  24.54 
 
 
235 aa  62.8  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0031  hypothetical protein  30.87 
 
 
268 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6926  SNARE associated Golgi protein  30.3 
 
 
249 aa  62  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0242  hypothetical protein  26.57 
 
 
684 aa  62  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.829949  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1183  DedA family protein  28.47 
 
 
677 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157357  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1368  integral membrane protein  28.93 
 
 
221 aa  60.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377957  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4068  SNARE associated Golgi protein  27.54 
 
 
220 aa  60.5  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.379921  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0212  phosphoesterase PA-phosphatase related  25.87 
 
 
684 aa  60.1  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2429  SNARE associated Golgi protein  28.12 
 
 
215 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2768  hypothetical protein  30.82 
 
 
212 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375842  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1269  SNARE associated Golgi protein  23.84 
 
 
201 aa  60.1  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1127  SNARE associated Golgi protein  25.9 
 
 
219 aa  60.1  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.325402 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2835  SNARE associated Golgi protein  28.12 
 
 
215 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0017  SNARE associated Golgi protein  26.97 
 
 
363 aa  58.9  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.447324  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0915  hypothetical protein  32.04 
 
 
206 aa  59.3  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00745427  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1759  hypothetical protein  29.22 
 
 
213 aa  58.9  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.335415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2736  hypothetical protein  31.97 
 
 
188 aa  58.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.629413  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4526  hypothetical protein  30.86 
 
 
222 aa  58.9  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2311  SNARE associated Golgi protein  28.12 
 
 
259 aa  58.5  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000116146 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0089  SNARE associated Golgi protein  24.84 
 
 
214 aa  58.5  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.061617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>