101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0172 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  100 
 
 		 428 aa  832    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  99.53 
 
 		 428 aa  830    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  90.89 
 
 		 428 aa  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  49.07 
 
 		 431 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  48.72 
 
 		 428 aa  312  6.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 440 aa  253  5.000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 490 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  28.27 
 
 		 474 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 466 aa  100  5e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 474 aa  97.1  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  25.85 
 
 		 486 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  27.46 
 
 		 461 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 470 aa  94  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  27.07 
 
 		 475 aa  94.4  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  26.94 
 
 		 475 aa  93.6  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 482 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  31.44 
 
 		 476 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  28.29 
 
 		 524 aa  91.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  28 
 
 		 474 aa  90.1  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 483 aa  87.4  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 483 aa  87  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  26.91 
 
 		 464 aa  87  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 481 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  24.74 
 
 		 475 aa  86.7  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 480 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  27.14 
 
 		 480 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  26.33 
 
 		 472 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  26.85 
 
 		 467 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 491 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  25.82 
 
 		 474 aa  84.7  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  28.26 
 
 		 490 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  25.05 
 
 		 471 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 474 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 		 480 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  27.25 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  24.28 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 470 aa  79.7  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  24.67 
 
 		 461 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 470 aa  79.7  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  24.73 
 
 		 483 aa  78.6  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  27.13 
 
 		 464 aa  77.4  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  24.46 
 
 		 472 aa  76.6  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 469 aa  76.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 474 aa  75.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 464 aa  73.9  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  25.11 
 
 		 477 aa  73.9  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  24.31 
 
 		 470 aa  73.6  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  24.57 
 
 		 466 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 470 aa  72.8  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 476 aa  69.3  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  24.79 
 
 		 468 aa  68.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 473 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  27.13 
 
 		 461 aa  64.7  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  27.6 
 
 		 475 aa  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 488 aa  63.5  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 506 aa  59.7  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  27.32 
 
 		 482 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  31.44 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  26.1 
 
 		 470 aa  57  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  33.97 
 
 		 469 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  27.01 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  27.01 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 469 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  27.32 
 
 		 481 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 490 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  42.86 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  32.54 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  27.44 
 
 		 471 aa  51.2  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 209 aa  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  38.1 
 
 		 474 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  38.89 
 
 		 209 aa  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  28.5 
 
 		 472 aa  47.4  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 277 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 104 aa  46.6  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 446 aa  45.1  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  44.7  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 165 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  29.77 
 
 		 477 aa  44.3  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  38.16 
 
 		 484 aa  44.7  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 152 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 139 aa  43.9  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 162 aa  43.9  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40 
 
 		 225 aa  43.9  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 462 aa  43.9  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 175 aa  43.9  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  43.5  0.007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 230 aa  43.5  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 139 aa  43.5  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4070  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 109 aa  43.1  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00101139  hitchhiker  0.00129674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  41.94 
 
 		 236 aa  43.1  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 138 aa  43.1  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 124 aa  43.1  0.01  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>