279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0068 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  100 
 
 
444 aa  882    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  99.32 
 
 
438 aa  864    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  87.76 
 
 
441 aa  765    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  39.43 
 
 
502 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
484 aa  292  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2179  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.62 
 
 
434 aa  292  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.570526  normal  0.0685307 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 
500 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 
500 aa  291  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0527  sigma-54, RpoN  42.62 
 
 
434 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.342184  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  39.5 
 
 
490 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  38.18 
 
 
493 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  35.4 
 
 
500 aa  281  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  36.6 
 
 
545 aa  279  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1260  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.59 
 
 
434 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.285759  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.24 
 
 
528 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  38.51 
 
 
458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  43.87 
 
 
520 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  41.69 
 
 
553 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  41.01 
 
 
513 aa  272  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  43.02 
 
 
519 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  41.33 
 
 
482 aa  270  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  41.02 
 
 
546 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  41.24 
 
 
548 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.01 
 
 
520 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.89 
 
 
526 aa  264  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 
543 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  41.13 
 
 
546 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3606  Sigma54-2 (RNA polymerase sigma-54 factor)  41.94 
 
 
432 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.99 
 
 
466 aa  262  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.22 
 
 
518 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  39.46 
 
 
504 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.25 
 
 
515 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.94 
 
 
512 aa  262  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3292  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.47 
 
 
432 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0316034  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  40.72 
 
 
546 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  42.64 
 
 
513 aa  259  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3654  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.72 
 
 
431 aa  259  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.46 
 
 
524 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  40.41 
 
 
511 aa  252  7e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.41 
 
 
516 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.32 
 
 
511 aa  251  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.26 
 
 
503 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.9 
 
 
511 aa  249  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  41.06 
 
 
498 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  39.66 
 
 
507 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.04 
 
 
456 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  33.76 
 
 
474 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.88 
 
 
482 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2867  sigma-54 factor family protein  39.4 
 
 
424 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1513  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.12 
 
 
424 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.142275 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.7 
 
 
482 aa  236  6e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 
477 aa  236  6e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  33.18 
 
 
437 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  29.52 
 
 
481 aa  233  5e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 
477 aa  232  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 
477 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 
477 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  31.29 
 
 
497 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 
477 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 
477 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.28 
 
 
508 aa  230  3e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.7 
 
 
497 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 
477 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  32.99 
 
 
477 aa  229  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.88 
 
 
497 aa  229  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  29.19 
 
 
483 aa  228  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.76 
 
 
494 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.33 
 
 
510 aa  227  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  31.33 
 
 
477 aa  226  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 
477 aa  227  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.71 
 
 
480 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  30.79 
 
 
485 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.29 
 
 
511 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.87 
 
 
477 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 
477 aa  225  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.88 
 
 
497 aa  225  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  31.19 
 
 
435 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  31.29 
 
 
489 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  33.85 
 
 
497 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 
477 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 
477 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  33.85 
 
 
497 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.67 
 
 
497 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  30.43 
 
 
461 aa  225  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.33 
 
 
479 aa  224  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 
478 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.04 
 
 
491 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.69 
 
 
511 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  29.4 
 
 
501 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  31.16 
 
 
435 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  30.95 
 
 
435 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  30.95 
 
 
435 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>