More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0028 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 332 aa  647    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  99.4 
 
 		 332 aa  645    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  86.45 
 
 		 332 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  63.19 
 
 		 332 aa  339  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  55.42 
 
 		 331 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  61.31 
 
 		 331 aa  329  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  57.23 
 
 		 336 aa  325  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  56.63 
 
 		 325 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  54.1 
 
 		 346 aa  323  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  53.78 
 
 		 336 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  53 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  53.58 
 
 		 336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  53.63 
 
 		 336 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  49.5 
 
 		 335 aa  285  5.999999999999999e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  54.73 
 
 		 345 aa  281  1e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  51.19 
 
 		 346 aa  280  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  49.31 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  54.86 
 
 		 327 aa  279  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  49.66 
 
 		 334 aa  276  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 371 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 		 333 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  54.58 
 
 		 305 aa  275  8e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  53.82 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  53.82 
 
 		 327 aa  268  7e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  50.34 
 
 		 337 aa  263  4e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.85 
 
 		 332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.14 
 
 		 334 aa  252  6e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.3 
 
 		 350 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 		 337 aa  245  6e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.07 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.7 
 
 		 355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.4 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 		 323 aa  230  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.83 
 
 		 336 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 		 339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  31.74 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.26 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  35.94 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 336 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 		 295 aa  149  5e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 		 336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  34.31 
 
 		 342 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 		 336 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  33.58 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.7 
 
 		 267 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.62 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  36.64 
 
 		 544 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 		 404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.93 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.23 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.23 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 		 331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.23 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.23 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  34.43 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>