More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05321 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  62.01 
 
 		 686 aa  874    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  62.43 
 
 		 686 aa  875    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  100 
 
 		 710 aa  1436    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  91.47 
 
 		 716 aa  1297    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  62.64 
 
 		 720 aa  870    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  62.32 
 
 		 685 aa  877    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  62.04 
 
 		 750 aa  876    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  63.33 
 
 		 725 aa  856    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  63.92 
 
 		 702 aa  879    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  60.32 
 
 		 689 aa  874    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  61.58 
 
 		 686 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  60.89 
 
 		 687 aa  847    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  62.93 
 
 		 687 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  62.76 
 
 		 708 aa  860    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  60.92 
 
 		 717 aa  876    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  62.3 
 
 		 688 aa  848    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  60.43 
 
 		 689 aa  865    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  64.31 
 
 		 702 aa  872    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  91.47 
 
 		 716 aa  1297    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  60.46 
 
 		 694 aa  853    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  59.45 
 
 		 745 aa  806    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  65.04 
 
 		 712 aa  864    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  48.23 
 
 		 700 aa  607  9.999999999999999e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  41.55 
 
 		 681 aa  424  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  40.96 
 
 		 676 aa  422  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  33.94 
 
 		 754 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  38.1 
 
 		 714 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  34.86 
 
 		 655 aa  370  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  37.64 
 
 		 745 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  36.95 
 
 		 726 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  37.1 
 
 		 726 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  37.06 
 
 		 725 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 742 aa  348  2e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.42 
 
 		 719 aa  345  1e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 		 724 aa  344  2.9999999999999997e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  36.02 
 
 		 669 aa  343  8e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.72 
 
 		 719 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  37.22 
 
 		 768 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  36.88 
 
 		 789 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  32.59 
 
 		 648 aa  326  1e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  32.59 
 
 		 648 aa  326  1e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  32.38 
 
 		 656 aa  322  1.9999999999999998e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  32.77 
 
 		 733 aa  320  5e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  34.21 
 
 		 668 aa  314  2.9999999999999996e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  31.11 
 
 		 630 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 		 706 aa  298  2e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 		 764 aa  290  5.0000000000000004e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 625 aa  287  5e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.42 
 
 		 749 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.05 
 
 		 773 aa  285  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  28.77 
 
 		 735 aa  284  4.0000000000000003e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.04 
 
 		 757 aa  281  2e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  31.14 
 
 		 755 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 724 aa  281  3e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.68 
 
 		 773 aa  278  2e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.53 
 
 		 892 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 769 aa  277  6e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  33.38 
 
 		 737 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.98 
 
 		 742 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  36.21 
 
 		 725 aa  273  5.000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  32.62 
 
 		 678 aa  273  6e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.37 
 
 		 736 aa  273  7e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  32.01 
 
 		 778 aa  272  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.14 
 
 		 741 aa  272  2e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.28 
 
 		 718 aa  270  5e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.69 
 
 		 762 aa  270  5.9999999999999995e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.89 
 
 		 785 aa  269  1e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.53 
 
 		 755 aa  269  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  31.53 
 
 		 765 aa  268  2e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.5 
 
 		 729 aa  268  2.9999999999999995e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  30.19 
 
 		 630 aa  268  2.9999999999999995e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 		 783 aa  267  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  35.46 
 
 		 760 aa  267  5.999999999999999e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.48 
 
 		 734 aa  267  5.999999999999999e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.67 
 
 		 745 aa  266  7e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  31.82 
 
 		 734 aa  266  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  34.41 
 
 		 724 aa  266  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  33.18 
 
 		 727 aa  265  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.97 
 
 		 783 aa  265  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  33.64 
 
 		 724 aa  264  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  31.16 
 
 		 714 aa  263  6.999999999999999e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  32.25 
 
 		 707 aa  263  8e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.61 
 
 		 765 aa  262  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 763 aa  262  2e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 		 789 aa  261  3e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  32.38 
 
 		 720 aa  261  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.58 
 
 		 729 aa  261  4e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  30.97 
 
 		 783 aa  261  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  32.88 
 
 		 728 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  32.23 
 
 		 720 aa  261  4e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.4 
 
 		 732 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.19 
 
 		 751 aa  260  7e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  32.88 
 
 		 728 aa  260  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  31.46 
 
 		 741 aa  260  7e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.18 
 
 		 787 aa  259  8e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.03 
 
 		 751 aa  259  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.78 
 
 		 739 aa  258  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  29.79 
 
 		 681 aa  258  2e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  31.93 
 
 		 762 aa  259  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.51 
 
 		 794 aa  258  3e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>