More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04802 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  100 
 
 		 569 aa  1130    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  36.64 
 
 		 554 aa  273  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  37 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  33.11 
 
 		 365 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  42.13 
 
 		 358 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  40.59 
 
 		 389 aa  127  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  39.57 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  38.14 
 
 		 371 aa  124  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  38.74 
 
 		 342 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  38.95 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  35.33 
 
 		 486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  37.57 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  35.96 
 
 		 519 aa  115  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  36.76 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  35.14 
 
 		 511 aa  114  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  36.76 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  35.98 
 
 		 541 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 396 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  32.43 
 
 		 513 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  29.43 
 
 		 669 aa  104  5e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  37.37 
 
 		 267 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  38.46 
 
 		 236 aa  101  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  35.07 
 
 		 286 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  38.42 
 
 		 303 aa  99.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  35.59 
 
 		 541 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 523 aa  99.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  35.59 
 
 		 547 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  35.1 
 
 		 219 aa  98.2  4e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  34.39 
 
 		 225 aa  96.7  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  37.42 
 
 		 283 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 271 aa  95.9  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  37.72 
 
 		 515 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  35.44 
 
 		 227 aa  94.7  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  31.91 
 
 		 579 aa  94.7  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  37.97 
 
 		 268 aa  94.4  5e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  35.91 
 
 		 525 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 528 aa  92.8  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  35.35 
 
 		 292 aa  93.6  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  36.87 
 
 		 198 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 198 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  36.3 
 
 		 223 aa  90.1  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  36.46 
 
 		 520 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  38.19 
 
 		 625 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  35.91 
 
 		 520 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.46 
 
 		 226 aa  87  7e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  37.76 
 
 		 303 aa  87  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  37.5 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  36.81 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.5 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  37.5 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  39.16 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  36.81 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  36.81 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  36.11 
 
 		 556 aa  83.2  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  28.17 
 
 		 570 aa  82.4  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  37.97 
 
 		 360 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  33.92 
 
 		 224 aa  82.4  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  39.26 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  38.61 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  35.23 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  30.99 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  33.16 
 
 		 205 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  34.8 
 
 		 229 aa  79.7  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  34.74 
 
 		 289 aa  79.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  32.39 
 
 		 306 aa  79.3  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.42 
 
 		 625 aa  78.6  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48028  predicted protein  30.77 
 
 		 522 aa  78.6  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  33.14 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  32.46 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  34.74 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  34.74 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  39.44 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  37.82 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  33.15 
 
 		 286 aa  76.6  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  29.53 
 
 		 190 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  29.53 
 
 		 190 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  31.79 
 
 		 261 aa  76.6  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 190 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  28.86 
 
 		 190 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  28.86 
 
 		 190 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 287 aa  76.3  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  34.15 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  29.05 
 
 		 182 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 190 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  32.82 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  38.82 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  29.13 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  33.52 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  44.96 
 
 		 369 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  34.44 
 
 		 240 aa  73.2  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF03630  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 422 aa  73.6  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  33.54 
 
 		 342 aa  73.2  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  31.02 
 
 		 275 aa  73.6  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  32.41 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  31.74 
 
 		 220 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  36.48 
 
 		 224 aa  72.4  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  34.18 
 
 		 291 aa  72.8  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  33.7 
 
 		 284 aa  72  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>