234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04799 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  47.09 
 
 
875 aa  692  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2233  protein of unknown function DUF470  46.4 
 
 
864 aa  639  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  88 
 
 
877 aa  1474  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  47.01 
 
 
869 aa  687  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  88 
 
 
877 aa  1474  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  100 
 
 
883 aa  1743  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  45.3 
 
 
864 aa  649  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  43.07 
 
 
870 aa  671  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  61.42 
 
 
866 aa  920  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2033  transmembrane protein, LpiA-like  46.31 
 
 
850 aa  644  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358436  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  44.9 
 
 
864 aa  634  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  45.03 
 
 
864 aa  631  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  43.59 
 
 
867 aa  628  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  43.01 
 
 
867 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4498  hypothetical protein  44.91 
 
 
889 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3871  hypothetical protein  44.91 
 
 
889 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5804  hypothetical protein  44.91 
 
 
889 aa  622  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  42.09 
 
 
871 aa  603  1e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4396  hypothetical protein  44.66 
 
 
864 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195504  decreased coverage  0.0070818 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3932  hypothetical protein  45.03 
 
 
864 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57988  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  41.97 
 
 
871 aa  599  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  43.86 
 
 
880 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  43.01 
 
 
880 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  40.8 
 
 
880 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  41.18 
 
 
880 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  42.91 
 
 
880 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  42.91 
 
 
880 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  41.46 
 
 
879 aa  548  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  36.15 
 
 
881 aa  520  1e-146  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  40.1 
 
 
872 aa  516  1e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52350  hypothetical protein  42.64 
 
 
881 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.890769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  43.55 
 
 
855 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4591  hypothetical protein  41.82 
 
 
881 aa  505  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  42.86 
 
 
864 aa  499  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  43.57 
 
 
844 aa  496  1e-138  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  43.45 
 
 
844 aa  493  1e-138  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  39.57 
 
 
877 aa  495  1e-138  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  37.99 
 
 
880 aa  488  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  37.99 
 
 
880 aa  487  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  36.85 
 
 
872 aa  480  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  36.87 
 
 
863 aa  472  1e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18850  hypothetical protein  42.6 
 
 
876 aa  468  1e-130  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.11879  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  36.63 
 
 
863 aa  466  1e-130  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  38.04 
 
 
854 aa  461  1e-128  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  38.25 
 
 
854 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  30.88 
 
 
813 aa  429  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  35.79 
 
 
850 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.74946e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  34.91 
 
 
850 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  35.43 
 
 
850 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  37.99 
 
 
850 aa  412  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  32.99 
 
 
850 aa  399  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  32.29 
 
 
850 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  32.91 
 
 
850 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  32.41 
 
 
850 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  37.63 
 
 
739 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  35.64 
 
 
896 aa  376  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1448  hypothetical protein  39.56 
 
 
557 aa  345  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0328641 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1140  hypothetical protein  45.07 
 
 
429 aa  299  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3825  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.69 
 
 
859 aa  273  1e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.41179e-10 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4555  hypothetical protein  45.68 
 
 
346 aa  270  6e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1388  hypothetical protein  27.11 
 
 
861 aa  270  1e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1520  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.69 
 
 
859 aa  268  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1590  virulence factor MprF  27.22 
 
 
861 aa  265  3e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0815094  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1486  virulence factor MprF  27.41 
 
 
861 aa  265  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.272411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1558  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.29 
 
 
861 aa  265  4e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88659e-07 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1375  virulence factor MprF  27.41 
 
 
861 aa  265  4e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1348  hypothetical protein  27.29 
 
 
861 aa  265  4e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1626  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  26.99 
 
 
861 aa  263  7e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1347  hypothetical protein  27.22 
 
 
861 aa  263  8e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1456  hypothetical protein  26.48 
 
 
851 aa  254  4e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1189  hypothetical protein  27.01 
 
 
858 aa  253  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3199  hypothetical protein  33.71 
 
 
556 aa  248  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757676 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1258  hypothetical protein  28.36 
 
 
851 aa  246  1e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0075337  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1564  hypothetical protein  27.98 
 
 
569 aa  230  9e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.201819  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1449  hypothetical protein  26.16 
 
 
840 aa  226  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00038982  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1421  hypothetical protein  26.16 
 
 
840 aa  226  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0726685  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0976  protein of unknown function DUF470  32.94 
 
 
556 aa  218  3e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1005  protein of unknown function DUF470  32.94 
 
 
556 aa  218  3e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0824  hypothetical protein  32.3 
 
 
568 aa  213  9e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.896168  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1845  FmtC domain-containing protein  34.32 
 
 
395 aa  201  4e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000138078  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1235  lysyl-tRNA synthetase (class II)  24.67 
 
 
851 aa  189  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1522  hypothetical protein  31.19 
 
 
861 aa  186  1e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0379  lysyl-tRNA synthetase (class II)  25.25 
 
 
844 aa  186  2e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.646345  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3190  hypothetical protein  25.33 
 
 
875 aa  184  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  32.37 
 
 
584 aa  177  9e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2131  hypothetical protein  35.22 
 
 
847 aa  174  5e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0930  fmtC protein  32.17 
 
 
840 aa  172  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1066  protein of unknown function DUF470  33.44 
 
 
590 aa  166  2e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0261019  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2438  protein of unknown function DUF470  25.68 
 
 
862 aa  163  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.298386  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1489  protein of unknown function DUF470  28.31 
 
 
861 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70166  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  35.76 
 
 
356 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  34.29 
 
 
516 aa  159  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  27.33 
 
 
692 aa  157  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  35.52 
 
 
368 aa  157  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  33.85 
 
 
362 aa  152  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  33.81 
 
 
393 aa  149  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  30.95 
 
 
517 aa  142  4e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  6.34893e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  37.32 
 
 
339 aa  141  4e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  34.04 
 
 
343 aa  138  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  34.04 
 
 
343 aa  138  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>