More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03890 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 276 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  70.29 
 
 		 276 aa  415  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 		 267 aa  302  4.0000000000000003e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 		 287 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  52.06 
 
 		 279 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  53.03 
 
 		 279 aa  278  7e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  52.63 
 
 		 278 aa  271  6e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  52.83 
 
 		 283 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  46.82 
 
 		 273 aa  265  5.999999999999999e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  47.29 
 
 		 277 aa  255  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  251  8.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  47.01 
 
 		 277 aa  247  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 		 278 aa  244  9.999999999999999e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  41.54 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 		 285 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 272 aa  192  5e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  38.32 
 
 		 272 aa  190  2e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  40.66 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 280 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 271 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.09 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 272 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.32 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 		 338 aa  169  4e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.62 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  37.68 
 
 		 272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 		 272 aa  159  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 		 273 aa  159  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 279 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  35.9 
 
 		 283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.21 
 
 		 344 aa  155  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.91 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  36.82 
 
 		 847 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  35.53 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 305 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 280 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 		 267 aa  149  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  33.81 
 
 		 304 aa  148  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 		 281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34.04 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  31.93 
 
 		 291 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.21 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 		 267 aa  145  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 		 256 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0934887  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 274 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.69 
 
 		 273 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  30.88 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  31.85 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>