More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03679 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  100 
 
 		 299 aa  585  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  65.91 
 
 		 303 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  65.91 
 
 		 303 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  39.91 
 
 		 222 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.64 
 
 		 222 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.65 
 
 		 231 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  38.15 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.39 
 
 		 221 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  33.47 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  62.86 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  30.15 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 223 aa  72  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5646  putative LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 231 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.387707 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4051  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00308286  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3347  two component LuxR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.563314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  32.14 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.253855  normal  0.0592312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4850  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.0399542 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  28.7 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3000  two component LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.42213  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 216 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0523  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.4 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5070  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.41 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.744929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  29.65 
 
 		 218 aa  67  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  67  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1932  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1159  two component LuxR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.942847  normal  0.660482 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2469  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.9 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.126163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4826  two component LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 267 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847801  normal  0.0520322 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.69 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3140  two component LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.803361  normal  0.270175 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  29.13 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1627  two component LuxR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0484719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.55 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2744  two component LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.34 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.350857 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1249  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  27.14 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.66 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3420  LuxR family DNA-binding response regulator  27.83 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  25.22 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.47 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6381  two-component LuxR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.708532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.97 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4896  response regulator receiver  31.19 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.446448  normal  0.220667 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  29.09 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3373  two component LuxR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.492418  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.89 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 218 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 209 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0500394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  28.18 
 
 		 218 aa  62.4  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.25 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  28 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>