More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03144 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  100 
 
 
508 aa  1008    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  83.56 
 
 
501 aa  774    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  83.56 
 
 
501 aa  774    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  56.67 
 
 
497 aa  521  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  58.07 
 
 
486 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.37 
 
 
523 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.27 
 
 
509 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.37 
 
 
489 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.9 
 
 
523 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  49.68 
 
 
499 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  49.57 
 
 
498 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 
495 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.55 
 
 
487 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.78 
 
 
523 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.7 
 
 
536 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.78 
 
 
523 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.78 
 
 
523 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.11 
 
 
527 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.63 
 
 
496 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.04 
 
 
523 aa  422  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.13 
 
 
539 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.63 
 
 
496 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.93 
 
 
520 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  50.42 
 
 
496 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  48.93 
 
 
490 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.58 
 
 
538 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  53.58 
 
 
538 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  53.58 
 
 
538 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.36 
 
 
538 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.36 
 
 
538 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.25 
 
 
477 aa  414  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.36 
 
 
538 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.36 
 
 
538 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.93 
 
 
509 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.51 
 
 
512 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.21 
 
 
471 aa  398  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.17 
 
 
490 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.79 
 
 
509 aa  388  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.65 
 
 
516 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.15 
 
 
478 aa  375  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.02 
 
 
520 aa  373  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.82 
 
 
495 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.43 
 
 
509 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.97 
 
 
485 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.94 
 
 
478 aa  360  3e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.32 
 
 
492 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.85 
 
 
497 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.77 
 
 
511 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.81 
 
 
500 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.33 
 
 
507 aa  344  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10675  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.31 
 
 
497 aa  343  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2259  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.23 
 
 
508 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  0.22709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.17 
 
 
496 aa  341  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.16 
 
 
477 aa  339  7e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.19 
 
 
514 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.19 
 
 
514 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.85 
 
 
497 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.68 
 
 
502 aa  335  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  40.33 
 
 
479 aa  334  3e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.23 
 
 
486 aa  334  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3306  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.75 
 
 
474 aa  332  8e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.4 
 
 
502 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.55 
 
 
532 aa  332  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.64 
 
 
500 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.42 
 
 
515 aa  330  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.6 
 
 
501 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2417  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.51 
 
 
479 aa  324  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118165  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2041  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.05 
 
 
511 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.49 
 
 
469 aa  322  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.42 
 
 
489 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.81 
 
 
514 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259166  normal  0.316813 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
500 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.4 
 
 
496 aa  312  9e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.16 
 
 
471 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.54 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.89 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.54 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  39.79 
 
 
488 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.31 
 
 
471 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.92 
 
 
537 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.68 
 
 
533 aa  302  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.06 
 
 
516 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.64 
 
 
476 aa  299  9e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.05 
 
 
498 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.93 
 
 
503 aa  296  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570974  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
521 aa  292  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.62 
 
 
482 aa  292  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3226  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.32 
 
 
503 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303935  normal  0.0862047 
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  40.92 
 
 
508 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.87 
 
 
486 aa  288  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.12 
 
 
503 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4291  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.12 
 
 
503 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.83 
 
 
464 aa  286  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1728  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.43 
 
 
509 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141114  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.97 
 
 
484 aa  283  8.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.97 
 
 
484 aa  283  8.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
504 aa  281  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.92 
 
 
517 aa  281  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
510 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.56 
 
 
513 aa  280  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>