44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03110 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03110  hypothetical protein  100 
 
 		 133 aa  278  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.050196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3661  Cupin 2 conserved barrel domain protein  57.5 
 
 		 218 aa  154  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2965  hypothetical protein  43.86 
 
 		 130 aa  103  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0208057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2750  hypothetical protein  42.11 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0226239  hitchhiker  0.00875229 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.44 
 
 		 122 aa  90.1  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2150  cupin 2 domain-containing protein  34.21 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0837605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2661  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3273  methionyl-tRNA synthetase  37.11 
 
 		 662 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.433163 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4208  Methionine--tRNA ligase  32.14 
 
 		 645 aa  53.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0857223  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.88 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0837  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.15 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1033  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.68 
 
 		 172 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.714129  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04560  expressed protein  33.33 
 
 		 177 aa  44.7  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1044  methionine--tRNA ligase  32.5 
 
 		 671 aa  45.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0570  methionine--tRNA ligase  27.27 
 
 		 659 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.755013 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0266  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.37 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.465169  normal  0.12222 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2072  auxin-binding protein, putative  31.03 
 
 		 167 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0382674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 303 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.55 
 
 		 172 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2148  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.67 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0024464  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0685  mannose-1-phosphate guanylyltransferase  24.11 
 
 		 477 aa  42.4  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0971  cupin domain-containing protein  29.87 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.341283  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0790  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  24.11 
 
 		 477 aa  42.4  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.916465  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4632  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 123 aa  41.6  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0666075 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 293 aa  41.6  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.86 
 
 		 118 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2847  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.33 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  35.14 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  35.14 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 293 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  35.14 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2228  cupin 2 domain-containing protein  31.17 
 
 		 166 aa  40.8  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000300974 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  38.46 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1608  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.67 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00104789  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0402  bicupin, oxalate decarboxylase family  24.73 
 
 		 404 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.861289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13508  hypothetical protein  33.33 
 
 		 177 aa  40.8  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0011  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.03 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157017  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1882  auxin-binding protein, putative  32.1 
 
 		 167 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0371  bicupin, oxalate decarboxylase family  24.73 
 
 		 404 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.571775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2286  cupin 2 domain-containing protein  25.93 
 
 		 130 aa  40  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3105  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.82 
 
 		 125 aa  40  0.009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2411  cupin 2 domain-containing protein  28.26 
 
 		 130 aa  40  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2699  hypothetical protein  28.87 
 
 		 120 aa  40  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.615203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>