90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03090 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  100 
 
 		 363 aa  731    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  52.81 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  49.55 
 
 		 343 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 347 aa  223  3e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  38.15 
 
 		 347 aa  222  6e-57  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  37.85 
 
 		 347 aa  222  9e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  35.53 
 
 		 331 aa  170  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  33.64 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  35.71 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  36.33 
 
 		 361 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  31.69 
 
 		 329 aa  157  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  33.57 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  35.09 
 
 		 272 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  32.88 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  35.94 
 
 		 269 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  31.05 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  32.24 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  29.97 
 
 		 675 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  31.85 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  33.07 
 
 		 304 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.47 
 
 		 689 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  31.85 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  33.2 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  29.41 
 
 		 773 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  29.62 
 
 		 675 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  32.35 
 
 		 317 aa  110  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 355 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  34.58 
 
 		 691 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  32.49 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  29.97 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  30.07 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 721 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  29.33 
 
 		 372 aa  106  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 694 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 721 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  30.52 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  30.69 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  31.1 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  30.43 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  31.47 
 
 		 669 aa  104  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  32.79 
 
 		 303 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  28.91 
 
 		 327 aa  104  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  30.14 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  30.73 
 
 		 698 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  29.9 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  30.27 
 
 		 327 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  29.27 
 
 		 351 aa  102  9e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  31.72 
 
 		 327 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  30.12 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.19 
 
 		 699 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  32.57 
 
 		 712 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 728 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  29.2 
 
 		 708 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  30.68 
 
 		 343 aa  99.8  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  30.24 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.9 
 
 		 726 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  30.29 
 
 		 282 aa  99.4  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  27.6 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  26.6 
 
 		 346 aa  97.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  32.55 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  30.62 
 
 		 311 aa  96.7  6e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  29.22 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  28.86 
 
 		 309 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  38.18 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  26.46 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  31.72 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  34.88 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  34.71 
 
 		 139 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  27.1 
 
 		 671 aa  67.4  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  26.07 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  33.04 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  25.91 
 
 		 343 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  25.64 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  27.59 
 
 		 252 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  30.39 
 
 		 243 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  30.56 
 
 		 211 aa  46.2  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  28.79 
 
 		 268 aa  45.8  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  27.65 
 
 		 270 aa  43.9  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.53 
 
 		 424 aa  43.1  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 517 aa  43.1  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 517 aa  43.1  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 525 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 525 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 525 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 525 aa  43.1  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 517 aa  43.1  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  28.85 
 
 		 222 aa  43.1  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  29.41 
 
 		 242 aa  42.7  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>