189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03043 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  100 
 
 		 786 aa  1538    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  47.13 
 
 		 842 aa  640    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.47 
 
 		 748 aa  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.04 
 
 		 794 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  46.73 
 
 		 803 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.88 
 
 		 785 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  46.6 
 
 		 766 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  46.83 
 
 		 766 aa  625  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.91 
 
 		 816 aa  622  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  46.34 
 
 		 766 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  46.34 
 
 		 766 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  46.47 
 
 		 984 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  46.47 
 
 		 766 aa  621  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.15 
 
 		 849 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.17 
 
 		 775 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.9 
 
 		 808 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  33.63 
 
 		 814 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  36.24 
 
 		 766 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.63 
 
 		 807 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  35.5 
 
 		 810 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.73 
 
 		 834 aa  387  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.58 
 
 		 788 aa  388  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  35.8 
 
 		 803 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.48 
 
 		 797 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.42 
 
 		 782 aa  386  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.96 
 
 		 797 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  35.82 
 
 		 782 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  35.82 
 
 		 803 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  35.82 
 
 		 803 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.47 
 
 		 789 aa  382  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.56 
 
 		 765 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  35.34 
 
 		 790 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.46 
 
 		 781 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.14 
 
 		 786 aa  375  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  35.26 
 
 		 790 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  35.2 
 
 		 783 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.44 
 
 		 815 aa  350  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  30.44 
 
 		 815 aa  350  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  30.31 
 
 		 815 aa  348  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.2 
 
 		 794 aa  333  8e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.17 
 
 		 790 aa  317  7e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  30.19 
 
 		 754 aa  289  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  27.94 
 
 		 804 aa  270  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.7 
 
 		 778 aa  264  6e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.81 
 
 		 798 aa  247  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  28.01 
 
 		 765 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.78 
 
 		 791 aa  232  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  27.1 
 
 		 788 aa  228  4e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  25.07 
 
 		 834 aa  171  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.81 
 
 		 734 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.48 
 
 		 778 aa  131  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.48 
 
 		 778 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.08 
 
 		 778 aa  124  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0084  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.45 
 
 		 818 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.74 
 
 		 831 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.46 
 
 		 837 aa  79.7  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  22.26 
 
 		 878 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.26 
 
 		 878 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  22.26 
 
 		 878 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  22.26 
 
 		 878 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  22.14 
 
 		 863 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  22.4 
 
 		 856 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.85 
 
 		 828 aa  71.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4579  CshB porin  25.09 
 
 		 812 aa  70.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.363192 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.5 
 
 		 859 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.9 
 
 		 866 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  20.85 
 
 		 842 aa  67.8  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.13 
 
 		 837 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.92 
 
 		 875 aa  67.4  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.92 
 
 		 875 aa  67.4  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  22.54 
 
 		 866 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  20.85 
 
 		 842 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.37 
 
 		 880 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  20.85 
 
 		 842 aa  65.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.17 
 
 		 867 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.77 
 
 		 832 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.04 
 
 		 857 aa  64.3  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  22.4 
 
 		 837 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.43 
 
 		 880 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  24.38 
 
 		 833 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.36 
 
 		 866 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  24.65 
 
 		 842 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  21.64 
 
 		 814 aa  63.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4914  outer membrane usher protein FimD, truncation  25 
 
 		 286 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  24.2 
 
 		 850 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  23.89 
 
 		 844 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  22.36 
 
 		 866 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  20.99 
 
 		 866 aa  62.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  24.2 
 
 		 833 aa  62  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  24.03 
 
 		 833 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  22.18 
 
 		 866 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  22.18 
 
 		 866 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.37 
 
 		 890 aa  60.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2869  outer membrane usher protein  30.07 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  20.83 
 
 		 866 aa  59.7  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  30.07 
 
 		 833 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.87 
 
 		 841 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.63 
 
 		 852 aa  58.9  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.92 
 
 		 852 aa  58.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.36 
 
 		 861 aa  58.5  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>