74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03042 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03042  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  100 
 
 		 241 aa  472  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.168941  normal  0.259112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1269  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  48.08 
 
 		 243 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0558339  normal  0.0398715 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4396  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  47.34 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.809922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1606  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1070  putative pilus assembly chaperone  45.16 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0722  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278946  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2993  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.810791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1222  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0849986  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2293  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1063  P pilus assembly protein, chaperone PapD  44.5 
 
 		 236 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2340  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  46.6 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.200473 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2474  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  47.85 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0866  hypothetical protein  43.52 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391209  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1922  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  43.5 
 
 		 242 aa  148  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5758  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  44.88 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.465618 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4689  putataive fimbrial chaperone protein  36.32 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1830  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  41.75 
 
 		 254 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1271  pili assembly chaperone  39.63 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4601  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  37.78 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0007  chaperone protein EcpD  33.95 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0410847  hitchhiker  0.00437464 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0006  pilus chaperone protein, putative  33.95 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2361  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  36.32 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200412  normal  0.497633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3334  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  36.32 
 
 		 258 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1961  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  36.13 
 
 		 258 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156981 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01137  pili assembly chaperone  34.6 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0327551  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3670  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  37.66 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.295639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1447  putative fimbrial chaperone  31.36 
 
 		 260 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1801  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  35.65 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.109168  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2460  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  33.33 
 
 		 253 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1664  pilus assembly chaperone  33.03 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.74351  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2818  putative fimbrial chaperone  29.6 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2670  pilus assembly chaperone  33.03 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0194825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1775  chaperone protein  33.03 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241363  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01133  pili assembly chaperone  34.78 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0694484  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2109  putative chaperone protein  34.95 
 
 		 254 aa  102  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0024073 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1398  putative fimbrial assembly chaperone  34.91 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0478  putative fimbrial assembly chaperone  34.91 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621456  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0875  fimbrial assembly chaperone, putative  34.91 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0680  putative fimbrial assembly chaperone  34.91 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.902912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1635  fimbrial chaperone protein  34.91 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1613  type I pilus usher pathway chaperone CsuC  34.91 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1792  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  34.91 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001217  pilus assembly protein chaperone PapD  25.32 
 
 		 252 aa  97.1  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5300  putative pili assembly chaperone  35.24 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5510  putative fimbrial chaperone protein  35.9 
 
 		 252 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61530  putative pili assembly chaperone  35.27 
 
 		 262 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  0.223638 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2678  fimbrial assembly chaperone, putative  33.5 
 
 		 279 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0305  chaperone protein pmfD, putative  34.75 
 
 		 243 aa  85.5  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2058  putative P pilus assembly protein, chaperone PapD  28.57 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.62462e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0343  putative pilus assembly protein chaperone PapD  28.77 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2694  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  32.12 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25409 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0611  chaperone protein PmfD, putative  28.44 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000224808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1267  pili assembly chaperone  32.52 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.475835 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3043  pili assembly chaperone  29.61 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000936481  normal  0.260101 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3666  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  37.93 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0779  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  29.84 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.765293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3600  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  36.21 
 
 		 250 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.173529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0145  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  33.1 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.195396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3741  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  40 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0536  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  30.37 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1890  pili assembly chaperone  24.19 
 
 		 259 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51460  chaperone CupC  23.76 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0145666  hitchhiker  0.000165686 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1548  Pili assembly chaperone, N-terminal  28.16 
 
 		 248 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264488  normal  0.907271 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2550  hypothetical protein  26.6 
 
 		 263 aa  45.8  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.401431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3754  pili assembly chaperone  27.27 
 
 		 248 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4046  pili assembly chaperone  26.04 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0499  pili assembly chaperone  26.04 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.298988  decreased coverage  0.000379472 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0167  pili assembly chaperone  26.04 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1148  pili assembly chaperone  28.71 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.261386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1272  gram-negative pili assembly chaperone  23.33 
 
 		 229 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.809329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1628  pili assembly chaperone  28.71 
 
 		 263 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1525  pili assembly chaperone  27.59 
 
 		 248 aa  42.7  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3810  Pili assembly chaperone, N-terminal  26.4 
 
 		 247 aa  42  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.124157 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3923  Pili assembly chaperone, N-terminal  26.4 
 
 		 247 aa  42  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.358656  normal  0.566628 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>