More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02993 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  100 
 
 		 612 aa  1264    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  53.03 
 
 		 619 aa  640    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  50.49 
 
 		 615 aa  601  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  50.41 
 
 		 593 aa  591  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  48.26 
 
 		 601 aa  581  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  49.75 
 
 		 610 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  48.7 
 
 		 632 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  47.03 
 
 		 619 aa  568  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  47.87 
 
 		 607 aa  548  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  43.12 
 
 		 616 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  45.11 
 
 		 625 aa  495  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  37.62 
 
 		 616 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  38.26 
 
 		 613 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  38.8 
 
 		 615 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  41.81 
 
 		 314 aa  221  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.98 
 
 		 607 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  26.11 
 
 		 593 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  24.28 
 
 		 588 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  32.1 
 
 		 815 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  33.59 
 
 		 697 aa  103  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  34.11 
 
 		 710 aa  101  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.53 
 
 		 737 aa  100  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  32.14 
 
 		 712 aa  100  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.55 
 
 		 819 aa  93.2  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  25.33 
 
 		 617 aa  91.3  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  31.23 
 
 		 717 aa  89.7  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  22.41 
 
 		 568 aa  89.7  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  24.39 
 
 		 617 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 		 716 aa  88.2  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  29.18 
 
 		 708 aa  87.8  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 695 aa  87  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  30.28 
 
 		 696 aa  86.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  29.46 
 
 		 711 aa  85.1  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 663 aa  85.1  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  23.79 
 
 		 574 aa  84  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 		 695 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 		 714 aa  79.7  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  23.43 
 
 		 830 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  28.89 
 
 		 706 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  24.2 
 
 		 631 aa  77  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  23.38 
 
 		 830 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  28.46 
 
 		 699 aa  75.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  23.93 
 
 		 559 aa  75.1  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 752 aa  74.7  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 703 aa  73.9  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 703 aa  73.9  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  24.46 
 
 		 388 aa  73.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 		 712 aa  72  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  25.64 
 
 		 541 aa  70.5  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  28.06 
 
 		 734 aa  70.1  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  20.18 
 
 		 827 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 690 aa  68.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.61 
 
 		 1107 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  24.35 
 
 		 540 aa  68.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 		 737 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 662 aa  67.4  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.15 
 
 		 759 aa  67.4  0.0000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 508 aa  67.4  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  26.73 
 
 		 659 aa  67  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3988  hypothetical protein  57.41 
 
 		 57 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00319492  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 705 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  23.91 
 
 		 634 aa  65.1  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  25.54 
 
 		 683 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 		 704 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.24 
 
 		 704 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.24 
 
 		 704 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  29.12 
 
 		 685 aa  63.9  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  23.94 
 
 		 579 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  24.9 
 
 		 719 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  26.98 
 
 		 673 aa  62.4  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.05 
 
 		 696 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 705 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  23.28 
 
 		 671 aa  62.4  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  27.71 
 
 		 809 aa  61.2  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  23.31 
 
 		 1136 aa  61.2  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  38.82 
 
 		 726 aa  59.7  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  27.34 
 
 		 679 aa  59.7  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  27.09 
 
 		 687 aa  59.3  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  38.82 
 
 		 721 aa  58.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  38.82 
 
 		 721 aa  58.9  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  42.17 
 
 		 671 aa  58.5  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  23.86 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  28.03 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  23.86 
 
 		 669 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  24.79 
 
 		 755 aa  58.2  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.17 
 
 		 671 aa  57.8  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  37.37 
 
 		 724 aa  57.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  37.35 
 
 		 723 aa  57.8  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  37.65 
 
 		 722 aa  57.8  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  24.44 
 
 		 606 aa  57.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  37.65 
 
 		 721 aa  57.8  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  37.65 
 
 		 721 aa  57.4  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  45.59 
 
 		 673 aa  57.4  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  45.59 
 
 		 675 aa  57.4  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  35.35 
 
 		 723 aa  57.4  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>