139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02601 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02601  activation/secretion signal peptide protein  100 
 
 		 557 aa  1131    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.591465  normal  0.415625 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3648  putative activation/secretion signal peptide protein  57.12 
 
 		 558 aa  663    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4241  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  82.86 
 
 		 581 aa  969    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.398994  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4351  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  82.86 
 
 		 581 aa  969    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.891663 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5402  activation/secretion signal peptide protein  56.57 
 
 		 555 aa  634  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2806  putative hemolysin activation/secretion signal peptide protein, FhaC/HxuB  47.28 
 
 		 569 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.142644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1646  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  46.02 
 
 		 569 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1739  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  46.38 
 
 		 561 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.484199  hitchhiker  0.0000499827 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1490  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  45.62 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00938115  hitchhiker  0.0000615286 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1034  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  45.62 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.278848  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1396  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  45.08 
 
 		 561 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304051  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1514  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  45.62 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4655  hemolysin activation/secretion protein  44.88 
 
 		 561 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55265  normal  0.152827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1436  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  44.9 
 
 		 561 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0737479  normal  0.0360186 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1931  putative exported heme utilisation related protein  45.42 
 
 		 559 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2550  hypothetical protein  45.05 
 
 		 597 aa  477  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0719761  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1780  hypothetical protein  45.42 
 
 		 551 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1044  hypothetical protein  45.23 
 
 		 559 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0938674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1491  hypothetical protein  45.23 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0159  hypothetical protein  45.23 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1759  hypothetical protein  45.23 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.301432  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1007  hypothetical protein  45.23 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1285  hypothetical protein  36.45 
 
 		 565 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000102142  hitchhiker  0.0000179621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0652  hypothetical protein  33.71 
 
 		 558 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4591  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  30.18 
 
 		 552 aa  257  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0618  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  30.71 
 
 		 554 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475083  normal  0.135926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0612  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  29.81 
 
 		 554 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.331915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0147  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  30.13 
 
 		 572 aa  233  8.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0573  hypothetical protein  29.61 
 
 		 574 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1655  hypothetical protein  27.05 
 
 		 588 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0068  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.36 
 
 		 559 aa  166  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503427 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1248  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.09 
 
 		 560 aa  117  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000540972  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3502  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.31 
 
 		 553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898931  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0503  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.6 
 
 		 572 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2861  hemolysin activation/secretion protein-like  26.06 
 
 		 607 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3523  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.95 
 
 		 548 aa  105  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2095  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.29 
 
 		 592 aa  104  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6061  hypothetical protein  24.8 
 
 		 599 aa  100  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03098  activation/secretion signal peptide protein  27.61 
 
 		 556 aa  99.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.604865  normal  0.89886 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3431  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.43 
 
 		 567 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00052486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1288  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.46 
 
 		 583 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0488096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3061  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.08 
 
 		 578 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0377809  decreased coverage  0.00167141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61190  hypothetical protein  24.17 
 
 		 568 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.324339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2460  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.61 
 
 		 587 aa  90.1  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118018  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12270  hypothetical protein  28 
 
 		 553 aa  89.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0300367  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5270  hypothetical protein  24.28 
 
 		 568 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2696  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.52 
 
 		 592 aa  85.5  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.763446 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1007  hemolysin activation/secretion protein-like  25.19 
 
 		 567 aa  84.7  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0011  hemolysin activation/secretion protein-like  25.19 
 
 		 567 aa  84.3  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.811976  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0746  hemolysin activation/secretion protein-like  25.19 
 
 		 567 aa  84.3  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.63759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2383  hemolysin activation/secretion protein-like  24.59 
 
 		 624 aa  84.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.418836  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2107  activation/secretion signal peptide protein  26.01 
 
 		 548 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.385271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4107  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.23 
 
 		 554 aa  79.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.416704  normal  0.195824 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3283  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.93 
 
 		 585 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.86575 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0351  hemolysin activation/secretion protein-like protein  23.76 
 
 		 607 aa  77.8  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.410508  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1989  hemolysin activation/secretion protein-like  22.81 
 
 		 587 aa  76.6  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0548358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3190  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.02 
 
 		 589 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3060  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.9 
 
 		 590 aa  75.5  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4503  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.04 
 
 		 580 aa  75.1  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.203664 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2673  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  28.11 
 
 		 584 aa  75.1  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.784893  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1153  OMP85 family outer membrane protein  25.75 
 
 		 558 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0779  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.41 
 
 		 747 aa  74.3  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000230796  normal  0.181114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37880  hypothetical protein  24.71 
 
 		 550 aa  73.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335494  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3443  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.76 
 
 		 639 aa  73.9  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1094  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.46 
 
 		 571 aa  72  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5786  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.82 
 
 		 592 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.564372  normal  0.0223321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58890  putative hemolysin activation/secretion protein  26.21 
 
 		 545 aa  70.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0280329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5176  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.29 
 
 		 586 aa  70.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.058555  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3704  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.39 
 
 		 554 aa  69.7  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.509582 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3489  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  25.8 
 
 		 1391 aa  68.2  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1782  putative heme-hemopexin utilization protein B  23.12 
 
 		 554 aa  68.2  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4426  surface antigen variable number  32.26 
 
 		 595 aa  67.8  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2497  surface antigen (D15)  24.86 
 
 		 531 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2348  surface antigen variable number  28.96 
 
 		 588 aa  67.4  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.825907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0727  hemolysin activation/secretion protein-like  26.96 
 
 		 575 aa  67.4  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.494827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1143  surface antigen (D15)  31.41 
 
 		 584 aa  67  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0908627  decreased coverage  0.00528068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3487  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  25.44 
 
 		 1570 aa  65.9  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3266  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  25.09 
 
 		 1349 aa  64.3  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0354  hemolysin activation/secretion protein  23.94 
 
 		 555 aa  63.2  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0188948 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0690  Hemolysin activator HlyB domain protein  23.74 
 
 		 442 aa  62  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4466  surface antigen (D15)  34.09 
 
 		 585 aa  61.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2173  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.61 
 
 		 692 aa  61.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0036053  normal  0.421945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3763  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  24.06 
 
 		 567 aa  60.5  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0939  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  23.94 
 
 		 561 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.247088  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1533  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  29.94 
 
 		 692 aa  58.5  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0363151  normal  0.0767157 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0052  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.31 
 
 		 568 aa  57.8  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.148517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2993  hemolysin activation/secretion protein  24.88 
 
 		 590 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815358 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5860  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  28.57 
 
 		 576 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.680877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4013  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25 
 
 		 538 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1529  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  22.52 
 
 		 585 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0450756  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0530  putative outer-membrane protein  22.16 
 
 		 551 aa  55.5  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0764  putative outer-membrane protein  21.86 
 
 		 508 aa  55.5  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.408754  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1744  hypothetical protein  22.16 
 
 		 551 aa  55.5  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4182  surface antigen variable number  34.83 
 
 		 608 aa  54.7  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4818  hypothetical protein  23.2 
 
 		 544 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0281  surface antigen (D15)  23.89 
 
 		 568 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55380  hypothetical protein  22.65 
 
 		 544 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.11737  normal  0.0347835 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1126  hypothetical protein  27.45 
 
 		 531 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2406  hemolysin activation/secretion protein  26.67 
 
 		 547 aa  52.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0378  surface antigen (D15)  22.14 
 
 		 595 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.799835  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>