50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02370 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02370  hypothetical protein  100 
 
 		 83 aa  173  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14298  normal  0.0406002 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4404  hypothetical protein  70.45 
 
 		 89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4294  hypothetical protein  70.45 
 
 		 89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3959  hypothetical protein  47.17 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0572114  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5064  hypothetical protein  57.53 
 
 		 95 aa  87.8  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4462  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  47.92 
 
 		 99 aa  86.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.168905  normal  0.0423453 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6348  hypothetical protein  57.89 
 
 		 83 aa  84  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00180642  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1142  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  58.67 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6383  hypothetical protein  53.66 
 
 		 91 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621443  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1172  putative DNA-binding protein H-NS  54.88 
 
 		 122 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3892  hypothetical protein  54.79 
 
 		 84 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3930  hypothetical protein  46.58 
 
 		 85 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2777  hypothetical protein  46.58 
 
 		 87 aa  67  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000199644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1018  hypothetical protein  41.1 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697598  normal  0.0957494 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5701  hypothetical protein  41.1 
 
 		 108 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6763  hypothetical protein  43.06 
 
 		 87 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0430903  normal  0.248334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4222  hypothetical protein  39.73 
 
 		 108 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.804885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6773  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.36 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00017117  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2592  hypothetical protein  37.68 
 
 		 97 aa  57  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2172  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.62 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000970391 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4587  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.11 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  36 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3237  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.9 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.14 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.48 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.48 
 
 		 97 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1351  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.29 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0110439  hitchhiker  0.00767889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2512  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.56 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  35.71 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.17 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1416  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.77 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00233677  normal  0.422691 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1444  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.77 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.292783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1404  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.06 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000773951  normal  0.9865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3146  H-NS family DNA-binding protein  32.94 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1064  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  31.08 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2996  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.18601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1510  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000161891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2867  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00308675  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2848  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000899352  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6182  hypothetical protein  32 
 
 		 159 aa  43.9  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633203  normal  0.361807 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  34.62 
 
 		 123 aa  43.5  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00994  DNA-binding protein, H-NS family  34.25 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000272824  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2290  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.25 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  34.29 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2856  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 130 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.17 
 
 		 103 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4578  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.87 
 
 		 121 aa  41.2  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.62 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.86 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.62 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>