More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02331 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  100 
 
 		 197 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  72.4 
 
 		 197 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  72.4 
 
 		 197 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  60.91 
 
 		 197 aa  220  9e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  55.38 
 
 		 234 aa  201  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  53.03 
 
 		 198 aa  198  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  54.55 
 
 		 260 aa  188  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  54.55 
 
 		 260 aa  188  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  54.55 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  54.55 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  54.55 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  54.55 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  54.55 
 
 		 229 aa  187  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  44.33 
 
 		 220 aa  151  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  48.45 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  43.81 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  51.03 
 
 		 196 aa  147  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  47.15 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  44.88 
 
 		 232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  45.73 
 
 		 220 aa  142  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  48.31 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  43.9 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  42.08 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  41.38 
 
 		 226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  53.17 
 
 		 155 aa  118  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  42.16 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  40.32 
 
 		 283 aa  113  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  39.89 
 
 		 273 aa  112  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  39.46 
 
 		 273 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  40.76 
 
 		 264 aa  109  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  40 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  39.04 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  40.98 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  28.81 
 
 		 247 aa  94.4  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  29.96 
 
 		 241 aa  88.6  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  27.82 
 
 		 249 aa  85.1  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  37.78 
 
 		 252 aa  84.3  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  34.76 
 
 		 222 aa  84.7  9e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  39.22 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.85 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  37.42 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  33.01 
 
 		 291 aa  78.6  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  32.99 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.16 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  37.06 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  33.67 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.65 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  36.42 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  33.97 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  32.84 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  31.73 
 
 		 263 aa  75.1  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  36.71 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.85 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  38.26 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  29.8 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  31.68 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  31.89 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  43.53 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  35.22 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  37.18 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  31.14 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  26.11 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.47 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  32.04 
 
 		 284 aa  72  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  31.12 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  32.16 
 
 		 444 aa  71.2  0.000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  29.59 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  34.78 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  35.21 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  32.88 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  32.35 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  34.81 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  33.55 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  34.81 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  32.74 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  32.6 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  32.34 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  37.36 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  36.26 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  36.54 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  39.16 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  37.64 
 
 		 289 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  37.64 
 
 		 289 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  37.64 
 
 		 289 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 231 aa  68.2  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32.16 
 
 		 239 aa  68.2  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.34 
 
 		 232 aa  68.2  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  31.77 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  32.72 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  31.78 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  34.52 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31.68 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  43.75 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.29 
 
 		 265 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  34.39 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  36.3 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  37.74 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  37.74 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>