147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01969 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01969  hypothetical protein  100 
 
 
263 aa  534  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3555  hypothetical protein  67.31 
 
 
260 aa  363  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0262409  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4909  type IV / VI secretion system protein, DotU family  67.7 
 
 
260 aa  362  3e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0340153  normal  0.0265168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2643  hypothetical protein  66.54 
 
 
260 aa  361  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0463  hypothetical protein  66.54 
 
 
260 aa  361  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0441  hypothetical protein  66.15 
 
 
260 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31423  normal  0.269531 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2934  hypothetical protein  66.54 
 
 
260 aa  361  6e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0398  hypothetical protein  65.77 
 
 
260 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3640  hypothetical protein  64.23 
 
 
261 aa  358  6e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00234142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3665  hypothetical protein  64.23 
 
 
261 aa  358  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2968  ompA family protein, putative  63.85 
 
 
261 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0377  hypothetical protein  65 
 
 
260 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3649  hypothetical protein  67.73 
 
 
220 aa  319  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.106209  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2181  hypothetical protein  52.69 
 
 
257 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0744334  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02041  hypothetical protein  54.31 
 
 
262 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3092  hypothetical protein  41 
 
 
238 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2263  hypothetical protein  40.37 
 
 
237 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4961  hypothetical protein  40.09 
 
 
237 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2630  hypothetical protein  40.5 
 
 
238 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.248355  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2772  hypothetical protein  41 
 
 
238 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0590674  normal  0.439335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2502  hypothetical protein  38.16 
 
 
238 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2810  hypothetical protein  32.63 
 
 
241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.442951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  26.19 
 
 
429 aa  96.3  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0515  type IV / VI secretion system protein, DotU family  28.41 
 
 
442 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2317  hypothetical protein  30.13 
 
 
453 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0027894  hitchhiker  0.000887894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0103  hypothetical protein  29.12 
 
 
293 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3845  hypothetical protein  26.09 
 
 
443 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00641884  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26720  hypothetical protein  30.67 
 
 
430 aa  76.6  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1472  hypothetical protein  25.73 
 
 
452 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0650495  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1593  hypothetical protein  29.38 
 
 
440 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442796  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0398  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344138  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1205  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0253  hypothetical protein  28.25 
 
 
437 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2465  hypothetical protein  30.3 
 
 
413 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1592  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1777  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2966  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2841  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.548037  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0447  hypothetical protein  28.25 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42910  hypothetical protein  27.66 
 
 
289 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.386497 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3604  hypothetical protein  27.66 
 
 
289 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00925  hypothetical protein  28.74 
 
 
449 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0257059  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0149  hypothetical protein  28.74 
 
 
449 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0371837  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5419  hypothetical protein  27.57 
 
 
291 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5263  hypothetical protein  37.59 
 
 
215 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2553  hypothetical protein  26.32 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00740521  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000015  Flagellar motor rotation protein MotB  26.46 
 
 
430 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2999  hypothetical protein  29.58 
 
 
406 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2089  OmpA/MotB domain-containing protein  29.8 
 
 
456 aa  70.1  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.975848  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5578  hypothetical protein  26.6 
 
 
291 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3130  OmpA/MotB domain-containing protein  29.68 
 
 
453 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00118735  normal  0.252633 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3486  OmpA family outer membrane protein  31.41 
 
 
453 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.392072  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2521  hypothetical protein  24.56 
 
 
261 aa  67  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.49989  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1690  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0621  hypothetical protein  45.24 
 
 
218 aa  66.2  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0550571 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0328  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0237  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1914  hypothetical protein  26.4 
 
 
426 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0927  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1214  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2189  hypothetical protein  26.4 
 
 
421 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3647  hypothetical protein  26.73 
 
 
224 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3165  hypothetical protein  30.67 
 
 
264 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3725  hypothetical protein  26.16 
 
 
273 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3126  DotU family type IV/VI secretion system protein  32.56 
 
 
221 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1523  hypothetical protein  26.45 
 
 
469 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.414466  normal  0.78534 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3046  hypothetical protein  31.34 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1758  IcmH  29.55 
 
 
257 aa  64.7  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1204  type IV / VI secretion system protein, DotU family  41.94 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0429  hypothetical protein  29.55 
 
 
257 aa  64.3  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3047  type IV / VI secretion system protein, DotU family  27.86 
 
 
489 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1179  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B (Asp/Glu-ADT subunit B)  27.42 
 
 
254 aa  63.2  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0164  hypothetical protein  32.72 
 
 
237 aa  62.8  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.431152  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0273  hypothetical protein  33.05 
 
 
226 aa  62  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2372  hypothetical protein  27.01 
 
 
282 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0856  hypothetical protein  42.86 
 
 
226 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0132615  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2452  OmpA/MotB domain-containing protein  26.12 
 
 
463 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154769  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3385  hypothetical protein  26.44 
 
 
282 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373526  normal  0.718715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0212  hypothetical protein  29.53 
 
 
460 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.468684  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2616  hypothetical protein  22.17 
 
 
289 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0188045 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0022  hypothetical protein  28.24 
 
 
257 aa  60.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.828521  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2119  hypothetical protein  22.17 
 
 
289 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05851  hypothetical protein  32.41 
 
 
263 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50770  hypothetical protein  35.51 
 
 
254 aa  60.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.203271  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000429  ImpK/VasF outer membrane protein  33.33 
 
 
263 aa  60.1  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0016  hypothetical protein  28.77 
 
 
215 aa  60.1  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.186285  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34110  hypothetical protein  37.4 
 
 
252 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000196469  normal  0.0427632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2900  hypothetical protein  37.4 
 
 
252 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3232  hypothetical protein  21.72 
 
 
289 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3258  hypothetical protein  28.87 
 
 
222 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0314  hypothetical protein  29.19 
 
 
434 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.497389 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  25.62 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3403  hypothetical protein  31.15 
 
 
254 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0308  hypothetical protein  29.19 
 
 
434 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.677173  normal  0.0357421 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2088  hypothetical protein  26.74 
 
 
443 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00251  OmpA family membrane protein  28.82 
 
 
438 aa  57.4  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1114  putative type VI secretion protein VasF  25.99 
 
 
275 aa  57  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0320  hypothetical protein  29.19 
 
 
434 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1078  type IV / VI secretion system protein, DotU family  23.94 
 
 
258 aa  56.6  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0780  hypothetical protein  28.67 
 
 
228 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>