85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01967 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01967  putative transmembrane protein  100 
 
 
193 aa  390  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.77679  normal  0.402218 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4911  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  62.83 
 
 
210 aa  234  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.03231e-07  hitchhiker  0.009082 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2966  hypothetical protein  60.21 
 
 
292 aa  233  1e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3647  putative lipoprotein  59.16 
 
 
204 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3638  putative lipoprotein  59.16 
 
 
204 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00119915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3663  putative lipoprotein  59.16 
 
 
200 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.353625  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0400  hypothetical protein  64.94 
 
 
202 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000206514  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0379  hypothetical protein  64.94 
 
 
202 aa  217  8e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0510591  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2932  hypothetical protein  63.22 
 
 
203 aa  213  1e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.147593  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2641  hypothetical protein  65.45 
 
 
203 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0465  hypothetical protein  65.45 
 
 
203 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.144688  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0443  hypothetical protein  65.45 
 
 
203 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303253  normal  0.490833 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3557  hypothetical protein  64.24 
 
 
203 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0566246  normal  0.386059 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02043  lipoprotein, putative  43.93 
 
 
202 aa  137  8e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2179  putative lipoprotein  35.29 
 
 
189 aa  125  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.18689e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2504  putative lipoprotein  31.88 
 
 
240 aa  68.2  7e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2770  hypothetical protein  31.88 
 
 
240 aa  65.9  3e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0124762  normal  0.552799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3606  putative lipoprotein  33.08 
 
 
168 aa  65.5  5e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3094  hypothetical protein  31.16 
 
 
240 aa  65.1  6e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0518827  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2628  hypothetical protein  31.16 
 
 
240 aa  65.1  6e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.189737  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42940  putative lipoprotein  33.08 
 
 
168 aa  64.3  1e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.177757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5580  putative lipoprotein  34.95 
 
 
166 aa  63.5  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0552  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  37.37 
 
 
171 aa  62.4  4e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4959  hypothetical protein  34.48 
 
 
251 aa  62  5e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261667  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5421  lipoprotein, putative  35 
 
 
166 aa  60.8  1e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3659  hypothetical protein  30.54 
 
 
172 aa  60.1  2e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177991  normal  0.259907 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00960  putative lipoprotein  32.28 
 
 
154 aa  60.5  2e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0194597  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0937  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  30.43 
 
 
170 aa  58.5  6e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.731961  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0151  putative lipoprotein  31.5 
 
 
154 aa  58.2  8e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2319  hypothetical protein  30 
 
 
155 aa  57.8  9e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00471412  hitchhiker  0.00131937 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000013  type VI secretion lipoprotein/VasD  28.93 
 
 
151 aa  57.4  1e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1116  putative type VI secretion protein VasD  28.95 
 
 
162 aa  57.8  1e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26740  hypothetical protein  31.96 
 
 
192 aa  55.8  4e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2265  putative lipoprotein  28.07 
 
 
181 aa  53.9  1e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0101  hypothetical protein  29.73 
 
 
160 aa  53.5  2e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3910  hypothetical protein  28.79 
 
 
167 aa  52.8  3e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374434  normal  0.782471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2523  hypothetical protein  29.09 
 
 
176 aa  51.6  7e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365008  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0051  hypothetical protein  28.31 
 
 
190 aa  51.6  7e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2090  putative outer membrane lipoprotein  29.01 
 
 
166 aa  50.1  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5275  hypothetical protein  26.49 
 
 
212 aa  50.1  2e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.174651  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2091  hypothetical protein  28.87 
 
 
156 aa  50.1  2e-05  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2376  hypothetical protein  22.58 
 
 
156 aa  49.3  3e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0166  hypothetical protein  30 
 
 
207 aa  49.7  3e-05  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1595  hypothetical protein  28.43 
 
 
171 aa  49.3  3e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204412  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6111  hypothetical protein  29.33 
 
 
168 aa  49.3  4e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.24398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0983  hypothetical protein  27.27 
 
 
167 aa  48.9  4e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1590  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  48.1  7e-05  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2968  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  48.1  7e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0445  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  48.1  7e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2843  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  48.1  7e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1775  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  48.1  7e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0409935  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1208  putative lipoprotein  26.53 
 
 
191 aa  48.1  7e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0396  putative lipoprotein  26.53 
 
 
179 aa  48.1  8e-05  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1470  putative lipoprotein  28.95 
 
 
187 aa  47.8  9e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.513143  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1212  hypothetical protein  32.41 
 
 
167 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.822471  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0925  hypothetical protein  32.41 
 
 
167 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3025  putative lipoprotein  25.53 
 
 
180 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2187  SciN protein  32.41 
 
 
167 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1912  hypothetical protein  32.41 
 
 
167 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0210  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  25.71 
 
 
156 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2997  putative lipoprotein  26.36 
 
 
176 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2551  hypothetical protein  25.76 
 
 
163 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273704  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1202  hypothetical protein  30.69 
 
 
163 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0025  putative lipoprotein  28.1 
 
 
158 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.567085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0251  putative lipoprotein  26.53 
 
 
172 aa  47  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0160  SciN protein  27.27 
 
 
210 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0124  putative lipoprotein  28.28 
 
 
180 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2808  hypothetical protein  26 
 
 
154 aa  45.8  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.58047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4054  hypothetical protein  25.83 
 
 
197 aa  45.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.78046e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3243  hypothetical protein  26.53 
 
 
178 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.795372  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0637  hypothetical protein  26.55 
 
 
189 aa  45.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.193066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0318  type VI secretion lipoprotein, family  24.11 
 
 
163 aa  45.1  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0341521  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0306  type VI secretion lipoprotein  24.11 
 
 
163 aa  45.1  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.157499  normal  0.0453584 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0312  type VI secretion lipoprotein, family  24.11 
 
 
163 aa  45.1  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.544183 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0301  SciN protein  24.11 
 
 
163 aa  45.1  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.589759 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0137  SciN protein  27.27 
 
 
180 aa  44.7  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3477  hypothetical protein  29.36 
 
 
168 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3727  hypothetical protein  25 
 
 
177 aa  43.5  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161314  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2450  hypothetical protein  29.13 
 
 
157 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00189886  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6676  putative lipoprotein  26.8 
 
 
179 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.974139 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1180  putative type VI secretion protein VasD-1  28.26 
 
 
154 aa  41.6  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0234801  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3843  putative lipoprotein  25.34 
 
 
199 aa  41.2  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00099713  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2487  hypothetical protein  28.21 
 
 
193 aa  41.2  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2995  hypothetical protein  28.21 
 
 
193 aa  41.2  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  4.78166e-07 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2585  hypothetical protein  29.46 
 
 
193 aa  41.2  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.788173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>