154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01960 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01960  hypothetical protein  100 
 
 		 363 aa  733    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0386  hypothetical protein  56.3 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0407  type VI secretion protein  56.3 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2831  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3639  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2959  hypothetical protein  57.07 
 
 		 366 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0472  hypothetical protein  57.18 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408031  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1712  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3630  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544301  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3655  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3146  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2925  type VI secretion protein  57.14 
 
 		 366 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3564  hypothetical protein  56.52 
 
 		 366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0055  hypothetical protein  57.34 
 
 		 366 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0450  type VI secretion protein  57.18 
 
 		 366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.969906 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4918  type VI secretion protein, VC_A0111 family  57.1 
 
 		 364 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0191108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2634  hypothetical protein  56.61 
 
 		 338 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02050  hypothetical protein  52.47 
 
 		 363 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.481196  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2172  hypothetical protein  45.33 
 
 		 354 aa  325  6e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2768  type VI secretion protein  35.63 
 
 		 356 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0620169  normal  0.565386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4957  hypothetical protein  35.17 
 
 		 356 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3096  hypothetical protein  35.06 
 
 		 356 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2626  hypothetical protein  35.06 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2506  type VI secretion protein  35.63 
 
 		 356 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166907  normal  0.89718 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2272  hypothetical protein  36.59 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4085  type VI secretion protein  34.39 
 
 		 377 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000191474 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3038  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.45 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1212  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.87 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2330  hypothetical protein  27.66 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0196244  normal  0.0188042 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0528  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.33 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2450  type VI secretion protein, VC_A0111 family  30.72 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0218229  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0539  hypothetical protein  33.93 
 
 		 340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0161  hypothetical protein  29.22 
 
 		 348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.568465  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0739  hypothetical protein  33.93 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.876468  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0609  hypothetical protein  33.93 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0735963  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0720  hypothetical protein  33.93 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.2482  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1678  hypothetical protein  33.93 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01080  hypothetical protein  29.22 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2030  hypothetical protein  33.93 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23868  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2128  hypothetical protein  33.57 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.596577  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3077  hypothetical protein  30.99 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3314  hypothetical protein  29.82 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0865  hypothetical protein  29.79 
 
 		 351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.839785  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3012  hypothetical protein  29.38 
 
 		 357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05859  hypothetical protein  25.36 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1481  hypothetical protein  31.07 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0199  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.57 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0432  hypothetical protein  30.51 
 
 		 330 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00260  hypothetical protein  30.46 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.439095  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000437  uncharacterized protein ImpH/VasB  25 
 
 		 332 aa  106  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.594996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1535  hypothetical protein  31.48 
 
 		 329 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2363  hypothetical protein  26.22 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2525  type VI secretion protein  25.08 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1691  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.91 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.623686  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42990  hypothetical protein  26.18 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6045  hypothetical protein  27.51 
 
 		 336 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3611  hypothetical protein  26.18 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26620  hypothetical protein  29.44 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1120  putative type VI secretion protein VasG  24 
 
 		 309 aa  96.7  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0273687  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7015  type VI secretion protein  26.51 
 
 		 358 aa  96.3  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3251  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.23 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3031  hypothetical protein  31.01 
 
 		 328 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.586945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1332  hypothetical protein  28.05 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.010268 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0049  hypothetical protein  27.55 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3729  hypothetical protein  25.38 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3860  type VI secretion protein  28 
 
 		 366 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3468  hypothetical protein  26.47 
 
 		 357 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0947  type VI secretion protein, VC_A0111 family  30.12 
 
 		 370 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0027  hypothetical protein  24.78 
 
 		 317 aa  93.2  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.273219  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1074  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.53 
 
 		 332 aa  92.8  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0974  hypothetical protein  26.92 
 
 		 351 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6120  type VI secretion protein  25.61 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.677953  normal  0.349005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0390  type VI secretion protein  24.25 
 
 		 356 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0317  hypothetical protein  24.25 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5426  hypothetical protein  25.61 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2365  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.58 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1583  hypothetical protein  31.17 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3037  type VI secretion protein, VC_A0111 family  31.15 
 
 		 385 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.663953  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2123  hypothetical protein  25.92 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1200  hypothetical protein  23.15 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4078  hypothetical protein  24.93 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0252169  hitchhiker  0.00001492 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2620  hypothetical protein  25.63 
 
 		 338 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3411  hypothetical protein  26.87 
 
 		 341 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2803  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.82 
 
 		 337 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0305  type VI secretion protein, family  24.79 
 
 		 331 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3228  type VI secretion protein  24.23 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0292  type VI secretion protein  24.79 
 
 		 331 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0831142  normal  0.923003 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1620  hypothetical protein  29.63 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3658  type VI secretion protein  27.35 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.44997  normal  0.507038 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0171  hypothetical protein  29.63 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.966591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0149  hypothetical protein  29.63 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.158561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0096  hypothetical protein  25.15 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2448  hypothetical protein  29.55 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00427442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1701  SciB protein  27.3 
 
 		 361 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0340  hypothetical protein  27.3 
 
 		 361 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0249  hypothetical protein  27.3 
 
 		 361 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0290  SciB protein  28.68 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718138 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2588  hypothetical protein  27.78 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal  0.103475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5585  hypothetical protein  25 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0297  type VI secretion protein, family  24.51 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.267723  normal  0.456236 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>