More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01682 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  100 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 303 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 301 aa  279  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  43.51 
 
 		 307 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 308 aa  271  9e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  42.21 
 
 		 302 aa  265  5.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 303 aa  252  7e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 328 aa  248  6e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.81 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  245  8e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.54 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.54 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 324 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.47 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 340 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 324 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 324 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.13 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.88 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  41.37 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 309 aa  225  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  40.39 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.72 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 301 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 296 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  40.39 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  40.39 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.04 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  41.64 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>