70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01652 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  52.3 
 
 		 718 aa  671    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  62.9 
 
 		 739 aa  920    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  100 
 
 		 767 aa  1548    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  66.49 
 
 		 757 aa  985    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  63.52 
 
 		 739 aa  926    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  37.84 
 
 		 741 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  37.98 
 
 		 741 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  37.98 
 
 		 741 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  43.32 
 
 		 387 aa  288  2e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  34.9 
 
 		 555 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  52.24 
 
 		 846 aa  181  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  33.05 
 
 		 1066 aa  174  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0899  hypothetical protein  51.32 
 
 		 155 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606509  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  26.63 
 
 		 786 aa  122  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  26.54 
 
 		 834 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  39.9 
 
 		 1013 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  27.93 
 
 		 675 aa  108  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01850  Ig-like domain-containing protein  38.19 
 
 		 1323 aa  103  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.854355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1859  protein of unknown function DUF1680  36.81 
 
 		 736 aa  87.4  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4617  protein of unknown function DUF1680  31.64 
 
 		 1025 aa  87.4  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602011  normal  0.370298 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03486  conserved hypothetical protein  26.55 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  23.85 
 
 		 386 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  23.92 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  29.61 
 
 		 848 aa  66.2  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0641  hypothetical protein  28.91 
 
 		 258 aa  66.6  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000324507  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  33.49 
 
 		 1072 aa  65.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  32.02 
 
 		 739 aa  64.7  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1543  cellulosome anchoring protein cohesin region  50.59 
 
 		 782 aa  61.6  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000430269  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0666  hypothetical protein  28.17 
 
 		 258 aa  59.3  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1976  hypothetical protein  31.03 
 
 		 1367 aa  57  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000800417  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1017  hypothetical protein  27.24 
 
 		 252 aa  56.2  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7437  hypothetical protein  29.17 
 
 		 1101 aa  53.9  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1047  hypothetical protein  26.36 
 
 		 316 aa  53.9  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  38.89 
 
 		 1307 aa  53.1  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  42.5 
 
 		 3027 aa  52  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0327  Peptidase S53 propeptide  35.88 
 
 		 1199 aa  51.6  0.00005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0684029  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3011  LamG domain-containing protein  30.3 
 
 		 4761 aa  52  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  37.01 
 
 		 1401 aa  51.2  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  30 
 
 		 6678 aa  51.2  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  24.89 
 
 		 385 aa  50.8  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1919  Chitinase-like protein  37.7 
 
 		 680 aa  51.2  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2131  Laminin G sub domain 2  28.97 
 
 		 981 aa  50.8  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14310  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  30.14 
 
 		 864 aa  50.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1781  alpha amylase, catalytic region  35.64 
 
 		 1847 aa  50.4  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  44 
 
 		 3507 aa  50.4  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  26.83 
 
 		 703 aa  50.4  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  27.8 
 
 		 804 aa  50.4  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3228  hypothetical protein  30.25 
 
 		 447 aa  50.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.159328  normal  0.346325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2966  PKD domain containing protein  23.73 
 
 		 531 aa  50.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.506413 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1747  hypothetical protein  37.21 
 
 		 1139 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000564232 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3385  hypothetical protein  27.52 
 
 		 1931 aa  50.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.807986 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2666  glycosy hydrolase family protein  31.21 
 
 		 970 aa  49.7  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2755  hypothetical protein  30.95 
 
 		 564 aa  49.3  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  39.33 
 
 		 948 aa  48.5  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  36.96 
 
 		 869 aa  48.9  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5765  hypothetical protein  30.11 
 
 		 593 aa  48.5  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  29.91 
 
 		 4357 aa  48.1  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1692  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  27.27 
 
 		 523 aa  47.8  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.363459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4731  hypothetical protein  31.29 
 
 		 2223 aa  47  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1737  hypothetical protein  27.6 
 
 		 251 aa  47  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000179479  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  35.42 
 
 		 1401 aa  47.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1773  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  37.35 
 
 		 288 aa  46.6  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.327647  normal  0.115704 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04176  exoglucanase A  39.81 
 
 		 548 aa  45.8  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0574  fibronectin, type III domain-containing protein  29.86 
 
 		 4433 aa  45.8  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0083  LamG domain-containing protein  26.34 
 
 		 430 aa  45.4  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0793  hypothetical protein  31.97 
 
 		 255 aa  45.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.748318 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4562  hypothetical protein  24.2 
 
 		 1576 aa  45.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4515  APHP domain-containing protein  36.67 
 
 		 5743 aa  44.7  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1999  LamG domain-containing protein  26.79 
 
 		 3907 aa  44.7  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  24.39 
 
 		 1174 aa  44.3  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>