More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00902 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  100 
 
 		 209 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 228 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  56.44 
 
 		 259 aa  229  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 208 aa  119  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 		 213 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  35.68 
 
 		 213 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 225 aa  98.2  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 212 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 209 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  33.83 
 
 		 207 aa  96.3  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 208 aa  96.3  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 237 aa  95.1  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 220 aa  94.7  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  31.82 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 207 aa  92.8  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  37.93 
 
 		 219 aa  92.8  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 210 aa  92.4  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 215 aa  92  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 207 aa  91.3  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 244 aa  90.9  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  37.34 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 210 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 218 aa  88.2  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 221 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 226 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.5 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  31.94 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  32.56 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  31.22 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  30.69 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 209 aa  74.7  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 226 aa  74.7  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 289 aa  71.6  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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