More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00787 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  100 
 
 		 563 aa  1130    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  60.98 
 
 		 568 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  60.92 
 
 		 562 aa  649    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  66.01 
 
 		 557 aa  732    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  66.01 
 
 		 557 aa  732    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  55.81 
 
 		 615 aa  608  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 		 563 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  54.38 
 
 		 563 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 559 aa  320  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 563 aa  296  8e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  38.81 
 
 		 524 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  35.45 
 
 		 459 aa  281  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  37.79 
 
 		 459 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  36.47 
 
 		 455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  36.38 
 
 		 454 aa  273  7e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  36.62 
 
 		 454 aa  273  7e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  37.3 
 
 		 453 aa  272  9e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  36.15 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  36.15 
 
 		 454 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  34.34 
 
 		 466 aa  270  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  34.76 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  35.92 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  36.15 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  36.15 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  35.78 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  35.92 
 
 		 454 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  34.1 
 
 		 454 aa  266  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 557 aa  266  7e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 551 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  33.57 
 
 		 457 aa  249  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 565 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 		 561 aa  231  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 451 aa  213  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  34.76 
 
 		 591 aa  212  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  33.56 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 453 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  27.63 
 
 		 448 aa  170  6e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  31.43 
 
 		 518 aa  162  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  32.82 
 
 		 427 aa  148  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  26.5 
 
 		 518 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  30.73 
 
 		 609 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  29.03 
 
 		 590 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  29.03 
 
 		 590 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.54 
 
 		 609 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  29.62 
 
 		 584 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.44 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 570 aa  124  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.44 
 
 		 565 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.5 
 
 		 569 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  29.29 
 
 		 580 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  27.21 
 
 		 448 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  26.77 
 
 		 450 aa  106  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  26.87 
 
 		 435 aa  105  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  30.67 
 
 		 443 aa  103  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  28.05 
 
 		 501 aa  103  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 446 aa  101  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  26.69 
 
 		 393 aa  99.8  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  26.86 
 
 		 453 aa  90.1  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  29.32 
 
 		 411 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  27.17 
 
 		 466 aa  79  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0937  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.92 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.24401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 		 458 aa  76.6  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 		 539 aa  71.6  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0894  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  37.25 
 
 		 114 aa  71.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2717  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 		 544 aa  70.1  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.47 
 
 		 561 aa  69.7  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  30.31 
 
 		 394 aa  69.7  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0740  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.9 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.104942 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0726  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.9 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141439  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1793  amino acid adenylation  24.84 
 
 		 1370 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0250793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  27.62 
 
 		 517 aa  68.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0720  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.99 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.324133  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0542  amino acid adenylation domain protein  29.1 
 
 		 534 aa  67  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.404103  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0033  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.74 
 
 		 361 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.336703 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  23.79 
 
 		 493 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33610  peptide synthase  35.82 
 
 		 5149 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.844682 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  24.24 
 
 		 495 aa  66.6  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 		 525 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0555  amino acid adenylation domain protein  30.69 
 
 		 534 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000001061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.23 
 
 		 560 aa  64.7  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  24.73 
 
 		 530 aa  64.7  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 		 502 aa  64.3  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 498 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599535  normal  0.650207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.71 
 
 		 551 aa  63.9  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  25.22 
 
 		 467 aa  63.9  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0165  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  23.91 
 
 		 506 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000579194  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 500 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0348  thioester dehydrase family protein  31.25 
 
 		 130 aa  63.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1015  AMP-dependent synthetase and ligase  24.48 
 
 		 498 aa  62.4  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00519801 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  25.51 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  25.14 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  26.37 
 
 		 541 aa  62  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  25.66 
 
 		 517 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 500 aa  62  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 500 aa  62  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  25.06 
 
 		 478 aa  61.6  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.904218 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0252  D-alanine-activating enzyme  29.13 
 
 		 508 aa  61.2  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  22.32 
 
 		 506 aa  61.6  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>