51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00776 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00776  putative signal peptide protein  100 
 
 
210 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4769  conserved hypothetical signal peptide protein  63.73 
 
 
218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.294682  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3692  putative signal peptide protein  63.73 
 
 
218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.378144 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0935  hypothetical protein  58.38 
 
 
232 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3056  conserved hypothetical signal peptide protein  55.88 
 
 
228 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00817533  normal  0.285808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0698  putative signal peptide protein  53.26 
 
 
222 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.694204  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3606  putative signal peptide protein  49.72 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4081  putative signal peptide protein  49.44 
 
 
225 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49377  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0317  hypothetical protein  30.81 
 
 
267 aa  98.2  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282593 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0430  hypothetical protein  32.02 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3915  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  35.8 
 
 
209 aa  92.8  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0708883  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3896  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.16 
 
 
248 aa  91.7  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5101  hypothetical protein  31.46 
 
 
204 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2754  hypothetical protein  35.22 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.217605  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0431  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.89 
 
 
200 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11559  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004072  putative transmembrane protein  29.47 
 
 
206 aa  89.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4385  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.49 
 
 
209 aa  89  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729066  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3519  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  30.18 
 
 
257 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2095  putative outer membrane protein  25 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0120  hypothetical protein  25.61 
 
 
195 aa  78.2  0.00000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000151321  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3387  hypothetical protein  31.5 
 
 
243 aa  77  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0334  hypothetical protein  26.42 
 
 
256 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4604  hypothetical protein  24.16 
 
 
270 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0889286 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0342  hypothetical protein  25.81 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0339  hypothetical protein  25.81 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0438  hypothetical protein  25.5 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0344  hypothetical protein  29.47 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0332  hypothetical protein  23.16 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4576  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.88 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0333  hypothetical protein  26.34 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0283  flagellum-specific ATP synthase  24.85 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00817363  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4376  hypothetical protein  25.89 
 
 
276 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0897  putative outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.81 
 
 
201 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.199535  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0974  hypothetical protein  27.45 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0342  hypothetical protein  25.49 
 
 
272 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3893  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  27.78 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.722126 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3684  hypothetical protein  24.02 
 
 
272 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4808  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.22 
 
 
201 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3881  hypothetical protein  20 
 
 
187 aa  52.4  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1495  hypothetical protein  28.1 
 
 
188 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.635359  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0318  hypothetical protein  29.41 
 
 
198 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3930  putative transmembrane protein  24.16 
 
 
202 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2763  hypothetical protein  25 
 
 
213 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000234999  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2149  hypothetical protein  25 
 
 
213 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0527214  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2682  hypothetical protein  24.28 
 
 
214 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.791709  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0306  hypothetical protein  27.67 
 
 
198 aa  48.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2815  hypothetical protein  24.85 
 
 
214 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.038116  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2673  hypothetical protein  25.16 
 
 
204 aa  45.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3300  putative transmembrane protein  21.29 
 
 
210 aa  45.1  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03732  fatty acyl CoA synthetase  27.81 
 
 
215 aa  41.6  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1321  hypothetical protein  25 
 
 
228 aa  41.6  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.577077  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>