More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00431 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  100 
 
 
698 aa  1410    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  41.63 
 
 
754 aa  521  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  46.78 
 
 
657 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  38.72 
 
 
760 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  44.04 
 
 
656 aa  443  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  41.22 
 
 
749 aa  437  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  42.8 
 
 
667 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  43.7 
 
 
734 aa  425  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  42.75 
 
 
614 aa  412  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  44.21 
 
 
662 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  43.63 
 
 
789 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  41.37 
 
 
625 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  43.22 
 
 
667 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  41.76 
 
 
621 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  41.95 
 
 
621 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  37.72 
 
 
653 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  39.96 
 
 
812 aa  379  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  41.38 
 
 
621 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  43.72 
 
 
615 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  38.22 
 
 
868 aa  324  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  33.13 
 
 
822 aa  317  6e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  36.22 
 
 
870 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  32.76 
 
 
796 aa  306  6e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  36.44 
 
 
596 aa  297  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  36.63 
 
 
861 aa  296  7e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  30 
 
 
779 aa  287  5.999999999999999e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  30.29 
 
 
767 aa  270  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  32.89 
 
 
792 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  37.62 
 
 
769 aa  262  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  24.83 
 
 
764 aa  154  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  26.3 
 
 
580 aa  127  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  26.62 
 
 
926 aa  124  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  26.04 
 
 
413 aa  124  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  25.57 
 
 
891 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  26.99 
 
 
946 aa  122  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  23.41 
 
 
1421 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  26.76 
 
 
887 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  26.76 
 
 
887 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  26.29 
 
 
808 aa  118  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  26.24 
 
 
864 aa  117  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  25.05 
 
 
684 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  36.71 
 
 
881 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  25.48 
 
 
987 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  25.05 
 
 
684 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.4 
 
 
685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  26.08 
 
 
882 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  25.05 
 
 
684 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.81 
 
 
684 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0540  type IV pilus secretin PilQ  27.25 
 
 
636 aa  114  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.614076  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  25.12 
 
 
692 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 
683 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.74 
 
 
944 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 
689 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  26.33 
 
 
893 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  27.06 
 
 
641 aa  112  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  25 
 
 
682 aa  112  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.3 
 
 
874 aa  111  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  24.82 
 
 
683 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.33 
 
 
894 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  23.93 
 
 
589 aa  109  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1743  type II and III secretion system protein  32.7 
 
 
1302 aa  110  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  25.51 
 
 
616 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.88 
 
 
718 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  25.99 
 
 
635 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  25.31 
 
 
420 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  24.88 
 
 
683 aa  109  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.96 
 
 
688 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  25.51 
 
 
575 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  22.48 
 
 
710 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 
683 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 
683 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 
683 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 
683 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  22.73 
 
 
714 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  27.81 
 
 
805 aa  107  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  25.24 
 
 
682 aa  107  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  25.51 
 
 
527 aa  107  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  25.38 
 
 
630 aa  107  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  23.98 
 
 
420 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  27.17 
 
 
660 aa  107  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.64 
 
 
870 aa  107  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  26.33 
 
 
523 aa  107  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.58 
 
 
578 aa  106  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.77 
 
 
718 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  24.22 
 
 
420 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.5 
 
 
733 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  24.03 
 
 
547 aa  106  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  25.74 
 
 
422 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  24.7 
 
 
682 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  30.16 
 
 
460 aa  105  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  24.44 
 
 
591 aa  105  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  27.67 
 
 
423 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  22.84 
 
 
433 aa  104  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  26.48 
 
 
553 aa  105  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  30.11 
 
 
673 aa  105  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  26.11 
 
 
668 aa  104  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  25.73 
 
 
462 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  25.73 
 
 
462 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  25.73 
 
 
462 aa  104  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  31.82 
 
 
494 aa  104  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>