More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00404 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00404  hypothetical protein  100 
 
 		 203 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000519632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2074  NAD-dependent epimerase/dehydratase:NmrA-like  75.37 
 
 		 203 aa  306  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0828114  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2094  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.88 
 
 		 203 aa  300  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0891152  normal  0.33329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.86 
 
 		 205 aa  247  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.38 
 
 		 204 aa  244  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.61 
 
 		 203 aa  238  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.117349  normal  0.30102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1033  NmrA family protein  61.88 
 
 		 204 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.89 
 
 		 204 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.89 
 
 		 204 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.182614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.41 
 
 		 204 aa  227  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.952073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.1 
 
 		 200 aa  225  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0517555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5517  hypothetical protein  56.16 
 
 		 203 aa  222  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1801  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.44 
 
 		 203 aa  221  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54690  hypothetical protein  54.93 
 
 		 213 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.347798  hitchhiker  0.00000151278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2522  hypothetical protein  55.67 
 
 		 203 aa  219  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8730  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase protein  57.64 
 
 		 202 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0809  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  56.34 
 
 		 213 aa  218  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4779  hypothetical protein  53.52 
 
 		 213 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.421738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1454  NmrA family protein  55.72 
 
 		 203 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.296873  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4232  hypothetical protein  54.73 
 
 		 203 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.52 
 
 		 213 aa  211  7e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000013553  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.4 
 
 		 214 aa  197  6e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.497066 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.3 
 
 		 214 aa  192  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0470  TrkA-N  50.74 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.54 
 
 		 217 aa  188  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.251717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.71 
 
 		 215 aa  184  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.24 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.64 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.48 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.48 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00403103  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.64 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.692938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.884216  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.17 
 
 		 210 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.01 
 
 		 210 aa  174  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112317  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7867  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.6 
 
 		 207 aa  174  9e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0621  NmrA family protein  45.97 
 
 		 211 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.837507  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0642  NmrA family protein  45.28 
 
 		 211 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2862  putative NADH-flavin reductase protein  50.71 
 
 		 215 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 		 213 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000014764  normal  0.222462 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.87 
 
 		 212 aa  171  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 		 213 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.914482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.73 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.75 
 
 		 213 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 		 213 aa  168  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0187  hypothetical protein  43.66 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.25 
 
 		 217 aa  168  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.866991  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3341  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.26 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6107  NmrA family protein  45.79 
 
 		 216 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.33 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.66 
 
 		 212 aa  165  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.55 
 
 		 216 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.220556 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0768  putative NADH-flavin reductase  46.23 
 
 		 210 aa  164  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3304  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.4 
 
 		 210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 		 213 aa  161  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0420481  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.89 
 
 		 201 aa  158  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.273763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2861  hypothetical protein  46.76 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.15708  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5218  hypothetical protein  42.72 
 
 		 212 aa  154  9e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000358421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1377  hypothetical protein  47.25 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.753826  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1783  hypothetical protein  47.25 
 
 		 208 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0359624  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1506  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.25 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.15916  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4751  hypothetical protein  45.62 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0458  hypothetical protein  47.25 
 
 		 208 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5202  hypothetical protein  42.25 
 
 		 212 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00721311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5207  hypothetical protein  42.25 
 
 		 212 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000123612  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5649  hypothetical protein  39.17 
 
 		 216 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.054314  normal  0.986235 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0041  hypothetical protein  42.25 
 
 		 212 aa  152  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000214852  hitchhiker  2.07988e-18 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0694  hypothetical protein  46.79 
 
 		 213 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00014158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1176  hypothetical protein  46.79 
 
 		 213 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.335392  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3643  hypothetical protein  40.85 
 
 		 212 aa  150  8.999999999999999e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000188612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4887  hypothetical protein  42.86 
 
 		 212 aa  150  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00553057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4926  hypothetical protein  41.78 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000966245  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5302  hypothetical protein  41.78 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154626  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1373  hypothetical protein  46.79 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15401  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2892  putative NADH-flavin reductase  40.28 
 
 		 215 aa  149  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4769  hypothetical protein  41.78 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.03269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5170  hypothetical protein  41.78 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7194299999999997e-45 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1266  hypothetical protein  41.03 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0147232 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4789  hypothetical protein  41.31 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000718942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0824  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.72 
 
 		 213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.04 
 
 		 227 aa  144  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4261  hypothetical protein  43.54 
 
 		 202 aa  142  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.122968  normal  0.186393 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0392  hypothetical protein  43.46 
 
 		 213 aa  142  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.383752  normal  0.0799866 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.79 
 
 		 215 aa  142  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.470573  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2728  hypothetical protein  41.2 
 
 		 213 aa  141  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.763149  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4152  hypothetical protein  41.15 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 		 223 aa  135  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.207414  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0220  hypothetical protein  40.38 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000163104  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.63 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0976  TrkA domain-containing protein  37.04 
 
 		 213 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.803978  decreased coverage  0.00042868 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1088  hypothetical protein  37.5 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.775201 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3261  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.74 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1882  putative NADH-flavin reductase-like protein  38.5 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.608011 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3985  hypothetical protein  39.63 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3367  NmrA family protein  35.68 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.670735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2018  NAD-binding protein, putative  38.53 
 
 		 206 aa  111  9e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26050  putative NADH-flavin reductase  37.91 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.600707  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0670  hypothetical protein  33.18 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.84049e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>